De aantekeningen van hoorcollege 2 over Protein structures & sequence profiles van het vak introduction to bioinformatics. Het document bevat duidelijke afbeeldingen. Verder is het overzichtelijk en duidelijk gemarkeerd.
Introduction to bioinformatics
Hoorcollege 2 – 10 januari 2024
Protein structures & sequence profiles
Typical BLAST output
High scores are red, low score are black. Colors for alignment score
Proteins to below
Length of the sequence (4000). It’s a query sequence
Matching sequences are drawn below
From top to bottom there are sorted. Best alignment on top Sorted by decreasing
alignment
Protein homologs are evolutionary related. Proteins look similar, because they started at the
same point
Possible output in more detail
Zoomed in
It’s a protein sequence, because there are more than 4 letters (all started by M)
Columns that are similar are highlighted, in a way they match the most
We want to recognize the conserved area’s / similar parts (*)
Protein family that is found in different species
Some are highly variable / some conserved, other don’t
Proteins that are conserved, is for a reason, called function
Common ancestor all sequence? What happens in between?
- Mutation happens randomly
- Over a long time, in both parts same amount of mutations
- Natural selection they died through an mutation
- Any mutation must be legal?
Running BLAST gives information about evolutionary
Summarize alignment, because there are big
Profiles are used PSSM (position specific scoring matrix) is a type of profile
Sequence are down (amino acids)
To the right are the scores (sequence position)
…
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper dboone264. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €4,48. Je zit daarna nergens aan vast.
