Samenvatting
Samenvatting Theorie Bio-informatica Celine Vens
- Vak
- Instelling
Bio-informatica gegeven door Celine Vens in 2de jaar Bio-informatica Kulak (KuLeuven) Biomedische Wetenschappen, enkel de theorie samengevat
[Meer zien]Voorbeeld 4 van de 42 pagina's
Voorbeeld 4 van de 42 pagina's
In winkelwagen
In winkelwagen
gesponsord bericht van onze partner
Verkoper
Volgen
sarahvermoere
Voorbeeld van de inhoud
Bio-Informatica Sarah V.1. Introduction
Bio-informatica = computationeel beheer en analyse van biologische informatie
Management = beheer: hoe de informatie organiseren en op te slaan
Analyse: hoe haal je kennis uit de informatie
-> 2 sequenties aligneren
-> bank die sequenties bevat van ons DNA
-> databanken overkoepelen
-> sequentie aligneren t.o.v. hele databank
Technieken om het humaan genoom te sequensen werden steeds goedkoper -> daarbij gaan ethische kwesties
gepaard: stel je ontdekt een andere erfelijke ziekte bij een patiënt (moet je dit gaan zeggen of niet?), de vader
is niet de vader (wat te doen?)
Wie mag er die informatie zien bewaren?
Functies van Bio-informatica:
1) Ontwikkelingsproces van geneesmiddelen
-> Identificatie van nieuwe drug targets (bijv. ziektespecifieke eiwitten), veronderstelt kennis van
ziektemechanismen, bv. Door differentiële expressieanalyse
Ontdekking van verbindingen die met het doelwit interageren
-> Gebruik van computationele technieken om geneesmiddel-eiwit interacties te voorspellen.
2) Bio-informatica in de ontwikkeling van breedspectrum antibiotica
-> Eiwitfamilies die geconserveerd zijn in bacteriën en afwezig in eukaryoten definiëren potentiële
doelwitten voor breedspectrum antibiotica
-> Maakt het mogelijk om eiwitfamilies te definiëren die sterk geconserveerd zijn in één levensdomein
en afwezig in andere (zo kunnen we antibiotica ontwikkelen dat enkel bacteriën aanvalt en niet de
mens)
1
, Wij reageren met deze applicaties door een
gebruikersinterface
Grafische interface = je bureaublad op de computer
Niet grafisch = Linux (commando’s typen-
Word, Google, photoshop, R… (alles wat je gebruikt op de computer)
Deze programma’s zijn gemaakt geweest met een programmeertaal
met een bepaalde syntax
Vaak gebruikte besturingssystemen: Windows, Linux en Apple
- CPU (central processing unit) -> doet alles, uitlezen en
uitvoeren programma instructies, hoe snel dat gebeurt wordt
uitgedrukt in GHz, hiervoor zijn programma instructies nodig
en die komen uit het geheugen
- Memory / geheugen -> grote van GB, hetgeen dat van
uw harde schijf gekopieerd wordt naar de CPU
- Harde schijf
Hoe zien gegevens eruit?
De CPU ziet enkel een reeks van 1’en 0’en passeren (tekst, liedjes, foto’s, video’s…)
De hardware van onze computer ziet dus enkel Bits & Bytes (een 1 of een 0)
k bits: 2k mogelijke waarden
vb. als je 2 bits bekijkt, heb je eigenlijk 4 mogelijke waarden:
- 00 - 01 - 10 - 11
De computer werkt vaak met Bytes -> dit zijn 8 bits
Als de CPU iets inleest vanuit het ramgeheugen is dat per Byte
28 = 256 mogelijke waarden (genoeg voor alle codes op toetsenbord)
2
,Met k bits kan je 2k waarden voorstellen -> dus je kan met k bits het getal 0 tot 2k -1 kan voorstellen
Vb. als je 2 bits hebt -> 22 = 4 -> kan je het getal 0, 1, 2, 3 voorstellen (2 k – 1 = 3)
Stel dat we het getal 4 willen voorstellen binair (hoe de computer het zou zien), wordt dit
beschreven met de binaire string 100
1 x 22 + 0 x 21 + 0 x 20 = 4
Als we dit willen lezen in Bytes = 8 bits voegen we er nullen aan toe tot 8: hier dus 00000100
Voorbeeld met 19 -> dit is 16 + 2 +1 (beschreven met binaire string 10011)
1 x 24 + 0 x 23 + 0 x 22 + 1 x 21 + 1 x 20 = 19
Als we dit willen lezen in Bytes = 8 bits voegen we er nullen aan toe tot 8: hier dus 00010011
Oefening: binaire string is 1101 -> wat is het getal?
1 x 23 + 1 x 22 + 0 x 21 + 1 x 20 = 13
-> ook letters kunnen we doen (ASCII code) vb. letter 1 is code 97
2. Biologische databanken
Algemeen
Biologische databanken -> data beschikbaar maken voor
wetenschappers + structuur in de data stoppen en op een
logische manier kunnen opslaan
Databank = verzameling gerelateerde gegevens die een bepaalde betekenis heeft
Vb. hotel reservatie maken (getallen/ foto’s/ tekst bevatten)
3
, Flat File DB
Meest eenvoudige vorm: databank zien als een gewone
tabel Elke rij (record) = 1 gegeven
Kolommen (attribuut) = eigenschap van de gegevens
! problemen: redundantie = informatie kan dubbel voorkomen als een klant bvb. Hetzelfde product
koopt (heel veel herhalingen)
Zo wordt het inconsistent -> foutjes in gebeuren, bvb. Je verhuisd -> 2 verschillende adressen voor 1
klant
Relationele DB
I.p.v. 1 grote tabel, 3 kleine tabellen met een datatype
Tabel voor alle gegevens van de klant, een voor alle gegevens van de producten en 1 van alle
aankopen
Unieke aankopen = sleutelatributen (kolom)
Vb. Klant wordt uniek geïdentificeerd door een customer ID
Het product wordt uniek geïdentificeerd door een product ID
Een aankoop wordt gedaan door 1 unieke klant, die 1 unieke aankoop doet op een unieke datum
Algemene databanken
(Japan, Amerika, Europa)
4
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper sarahvermoere. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €7,39. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 67474 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen