Samenvatting
Samenvatting Bioinformatica course 5
- Vak
- Bioinfomatica
- Instelling
- Hogeschool Arnhem En Nijmegen (HAN)
Samenvatting van alle bioinformatica lessen in course 5
[Meer zien]Voorbeeld 2 van de 14 pagina's
Voorbeeld 2 van de 14 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
Verkoper
Volgen
Voorbeeld van de inhoud
Bioinformatica course 5Week 1
Essentiële onderdelen van een database
- Filter opties (bijvoorbeeld alleen eiwitten, of alleen uit een bepaald organisme).
- Referenties, hieruit wordt duidelijk of de informatie door een computer berekend is of
uit de literatuur is onderzocht.
- Accession codes: identificatienummer dat elk bestand heeft.
- Data tabellen
- Metadata: geannoteerde data, bijvoorbeeld bij een sequentie. De metadata van die
sequentie geeft aan welk deel van de sequentie een gen codeert.
- Datum en afkomst.
Nucleotide sequence databases: GenBank (NCBI). Hier is ruwe data beschikbaar maar ook
is de coderende sequentie of het mRNA transcript zichtbaar.
Eiwit sequence databases: UniProtKB en NCBI protein. UniProt bevat het vaak
geannoteerde SwissProt. SwissProt bevat alleen informatie over eiwitten dat bewezen is,
UniProt heeft ook voorspellingen over bijvoorbeeld de structuur van een eiwit. In een eiwit
database kan je onder andere onderzoek doen naar de functie van verschillende domeinen
van een eiwit.
Hoe kies je data?
Redundancy/herhaaldelijkheid: bepalen hoeveel data over hetzelfde onderwerp exact
hetzelfde is. Door te zoeken op Refseq vind je unieke informatie.
Consistentie: herhaaldelijke fouten kunnen wijzen op geautomatiseerde data. Check daarom
altijd of een DNA sequentie alleen uit A,T,G,C bestaat.
Updatering van databases: bekijk de datum en versienummers, zoek de meest recente
versie.
Annotatie van data: de initiële annotatie van data is vaak geautomatiseerd. Dit houdt in dat
een computer zelf voorspelt wat de data betekent. Dit is heel snel maar minder betrouwbaar.
Menselijk cureren van data is betrouwbaarder maar kost meer tijd. SwissProt en Refseq zijn
curated databases. Alle informatie is dus gecontroleerd door mensen.
Refseq bevat informatie over DNA en eiwit.
, Eiwit functie hangt af van
- Cellulaire locatie
- Biologisch proces
- Moleculaire functie
Week 2
SwissProt zijn niet alleen de verwachte functies en structuren van eiwitten, maar is het ook
experimenteel bewezen. UniProt heeft bewezen en hypothetische informatie. SwissProt is
eigenlijk een onderdeel van UniProt.
Data zoeken
Welke data/annotatie is correct?
- Controleer datum
- Controleer literatuur
Wat betekent de data?
- Controleer de accession code, hieruit kan blijken of het bijvoorbeeld genomisch DNA
is of een eiwitdomein.
- Controleer over welk stuk van de sequentie de data is.
Gene ontology (GO): een gereguleerd woordenboek. Universele termen die gebruikt worden
in biologische databases. Het is belangrijk dat verschillende databases dezelfde gene
ontology gebruiken. Hierdoor kan namelijk data met elkaar vergeleken worden. Er zijn drie
gene ontologies.
1. Cellulaire processen
2. Biologische processen
3. Moleculaire functies
GO zijn nummers, ze gaan van een algemene categorie naar steeds specifieker.
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper noramfaro. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €6,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 67096 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen