SamenvatninWCnEpidemiologoiienEnEconomie IrisnSchoonderwalogdt
Iknkwamnernpasnlogaternachterndatndentekstennuitndenvoorbereidinisflogmppesnvoorndenstatstekn
werkcologlogeiesnlogeterlogipknuitndensyloglogabusnkomen.nDaaromnzipnndenvoornwerkcologlogeien2nenn3nnoinwelogn
uitiewerkt,nennvanafnwerkcologlogeien4nnietnmeer.
Werkcollege 1: Associatiematen en onderzoeksopzet
Voorbereiding
Associatiematien ien ondierzoieksopziet
Inndenepidemiologoiienwiloglogennwenvaaknkipkennnaarnde
relogatentussenntweenfenomenen.nDitnnoemennwenden
occurrencenrelogaton.nInnhetnalogiemeennkipkennwennaar
denaanweziiheidnvanneennrisicofactornennhet
ontwikkelogennvanneennziekte.n
Omnditntendoennzipnnerneennaantalog
onderzoeksopzetennontworpen.nDeze
kunnpenirofniezeidnindelogennin
observatonelogenstudiesnen
experimentelogenstudies.nBip
experimentelogenstudiesninterfereernpe
metndenindividuenndiendeelognemen,nennbip
observatonelogenstudiesnkipknpen(zonder
zelogfnteninterfereren)ninndenpraktpknnaarndensamenhanintussennverschiloglogendenfactoren.
Observatonelogenstudies
Welogkeniroepennpenhebtnverielogekennbepaalogdnmetnwelogkensoort
observatonelogenstudienpentenmakennhebt.nAlogsnpeniroepen
verielogipktnopnbasisnvanneennrisicofactorn(determinant)nhebnpe
automatschntenmakennmetneenncohortnstudie.nAlogsnpeniroepen
verielogipktnopnbasisnvanndenziektestatusn(outcome)nhebnpente
makennmetneenncase-controlognstudie.nAlogsnpenhelogemaalognieen
iroepennmaakt,nmaarneenndwarsdoorsnedenvanndenpopulogate
maaktnwaarinnpenzowelogndendeterminantnalogsndenoutcome
meet,nhebnpentenmakennmetneenncross-sectonalognstudie.n
Cohort studie
Jenmaaktniroepenno.b.v.ndenriscofactorn(RF):npenselogecteertneennaantalogndierenndiendenrisicofactornwelogn
hebbenneennaantalogndierenndiendenrisicofactornnietnhebben,nbipv.noveriewicht.nWenwiloglogenndannwetennofn
dierennmetnoveriewichtnmeernrisiconhebbennopnhetnontwikkelogennvannheupdysplogasie.nDezendierennianpe
doorndentpdnheennobserveren,nennnaneenntpdpenkipknpenwatndenresulogtatennzipn.neetnblogipktndanndatninnden
iroepnmetnoveriewichtn80%nzieknisnieworden,nterwiplognditninndeniroepnzondernoveriewichtn40%nis.n
eiermeenkannpenooknhetnrelogatevenrisiconuitreken:n0,8/0,4n=n2.nMetnoveriewichtnhebnpen2xnzoveelognkansn
omnheupdysplogasientenontwikkelogenndan
alogsnpendenrisicofactornnietnhebt.
Alogsnpenzo’nnstudiendoetnzetnpende
resulogtatennvaakninneenn2x2ntabelog.nJe
kuntnhiermeenberekenennwatndenkans
isnomnziekntenwordenninndenexposed
1
,SamenvatninWCnEpidemiologoiienEnEconomie IrisnSchoonderwalogdt
iroepn(a1/n1)nenninndennon-exposedniroepn(a0/n0).nMetndezenkansennkunnpendannhetnrelogatevenrisicon(RR)
berekenen.n
Aanneenncohort-studienzitennzowelognvoordelogennalogsnnadelogen:
Voordelogen:
o Denvologiordenklogopt:neerstnRF,ndannziekte.
o Effectnopnmeerderenziektenbestuderen.
Nadelogen:
o Onhandiinwanneernpeneennziektenhebtndienweiniinvoorkomt.nJenhebtndannerinveelogn
observatesnnodiinomnietsntenkunnennzeiiennovernhetnverschilogntussennbeideniroepen.
o Slogechtnteniebruikennwanneerneennziektenzichnloganizaamnontwikkelogd.nJenmoetndannerin
loganinobserveren.
o AlogsnpennietnweetnwatndenRFnvanneennbepaalogdenziektenzounkunnennzipn,nweetnpenooknnietn
hoenpendeniroepennmoetnopdelogen.nErnmoetndusnalognbestnhetneennennandernvanndenziekten
bekendnzipn.
Case-control studie
eetnuitianipuntnbipndezenstudienisnbennpenzieknof
niet.nJenverzamelogtndusnziekendierenn(cases)nen
iezondendierenn(contrologs).nVervologiensnianpe
kipkennofndenrisicofactornwaarinnpenieïnteresseerd
bentnaanweziinis.nUitndezenstudienlogeernpenniks
overndenkansnopnzieknwordenn(wantnalogsnpe
iroepennvannonielogipkenirootenzipnnkunnpenhier
natuurlogipknieennconclogusiesnuitntrekken).nJenlogeert
aloglogeennietsnoverndenrisicofactornenndenkansnop
zieknworden.nWennoemennditndenodds:nwatnisnde
verhoudininrisicofactor(+)/risicofactor(-).n
eiermeenkannpendannweerndenoddsnraton(OR)
uitrekenen,ninnditnievalogn6.nDenkansnomndenRFnte
hebbennisn6xniroternalogsnpeneenncasenbentndannalogs
peneenncontrolognbent.neetn‘logeuke’nisndatneennodds-
ratonookndenanderenkantnopnkannwerken:nwatnis
denoddsnopnhetnzipnnvanneenncase,nalogsniknexposed
ben?nJenzulogtnzienndatnhiernpreciesnhetzelogfdenietalog
uitnkomt.nDitnkannooknnoinmetnkruisloginis
vermeniivulogdiien.nDaarnaastnkannhetnooknnoi
doorntochnmetndenkansenntenwerkenn(ziencohort
studie).n
eetnhandiienisndatndenoddsnratonnietnafankelogipknisnvanndencase:controlognraton(dusndenverhoudininvann
hetnaantalogndierenninnbeideniroepen).nDaarnaastnisndenoddsnratonsymmetrisch.nDenORnvoorncasenzipnn
tussennRF(+)nennRF(-)nisnevennirootnalogsndenORnvoornRF(+)ntussenncasenenncontrolog.
Wanneerniebruiknpennouneenncase-controlognstudie?
eandii:
o Bipnzelogdzamenziektesn(efficiënt).
o Bipnzelogdzamenziektes:nORn~nRR.
o Alogsnpenieennideenhebtnvanndenrisicofactoren.
Nadeelog:
2
,SamenvatninWCnEpidemiologoiienEnEconomie IrisnSchoonderwalogdt
o Moeilogipknomnioedencontrologesntenvinden.
Samenvatend
Cohortnstudie:
o RRnuitntenrekenen.
o Nietnvoornzelogdzamenziektes.
o Associatentussenn1nRFnennvelogenziektes.
Case-controlognstudie:
o ORnuitntenrekenen.
o Welognvoornzelogdzamenziekten(enndannbenadertnORnhetnRR).
o Associatentussenn1nziektenennvelogenRF.
How to in R-script
Omntenbeiinnennmoetennwendendatabasenepibasixninstaloglogeren.nDezenzitnnamelogipknnietnstandaardninnR.n
Ditninstaloglogerennhoefnpenmaarnéénnkeerntendoen,nmaarnpenmoetnwelognelogkenkeerndezendatabasenopnieuwn
actverennmetnlibrary(iepibasix)!
Weniebruikennnunhetnvoorbeelogdnvannblogz.n57/85nvannPetrienEnWatson.neiernwerdniekekennnaarnhetn
risiconomnBSEntenkripiennalogsndenoudersnhetnwelog/nietnhadden.nVologiensnhetnonderzoeknhaddenn42n
nakomelogininvannmoedersnmetnBSEnooknBSE,n259nnakomeloginiennhaddennhetnniet.nVannmoedersnzondern
BSEnhaddenn13nnakomeloginiennBSE,nenn288nniet.nOmnhetnrisicontenberekenennisnhetncommandonbsie<-
matrix(c(42,259,13,288),ncol=2,byrow=TRUE)niebruikt.nDencnzeitndatndezenviernietaloglogennbipnelogkaarn
horen.nZonweetndatnRndatnhetneennriptpenietaloglogennisndatnechtnbipnelogkaarnhoort.
Nunwilognpenvanndezenietaloglogenneenntabelognmaken.nEénnmaniernomndatntendoennisnomniebruikntenmakennvann
matrix.nNcolog=2nieefnaanndatndenmatrixntweenkologommennmoetnhebben.nOmdatnpenviernietaloglogennenntwee
kologommennhebt,nhebnpenautomatschnookntweenripen.nByrow=truenbetekentndatndenmatrixnpernripnievulogd
moetnworden,nennnietnpernkologom.nOmntenkipkennwatnerninndenmatrixnisniezetnkunnpenbsieniebruiken.nJen
kripitndanndentabelogntenzien.
Nuniaannwenhetncommandonepi2x2niebruiken.nDitndoennwenomdatnwendenoddsnratonwiloglogennwetennmét
betrouwbaarheidsintervalog.nWeniebruikennhetncommandonbsie.iep<-iepi2x2(bsie, alpha=0.05).n
Alogpha=0.05nieefnaanndatnweneennonbetrouwbaarheidnvann5%nwiloglogennhanteren.
Omnnuntenkipkennwatnerninnditnobpectnstaatnkunnennwendensummary(bsie.iep)niebruiken.
Jenkripitnnunbestneennloganinverhaalogntenzien.neetnbeiintnmetndenmatrix.nDaarondernzienpenpeneennchi-
kwadraatoetsnmetnbipbehorendenp-waarde.
Daarnweernondernstaatndenieschatenoddsnratonmetnbipbehorendn95%nbetrouwbaarheidsintervalog.
3
,SamenvatninWCnEpidemiologoiienEnEconomie IrisnSchoonderwalogdt
Werkcollege
Opdracht 1
Maaitorsienisneennzelogdzamenmaarnernstienafwipkininbipnhonden.nDenmaainvanndenhondndraaitninnden
buikhologtenennzoritnvoorneennafsloguitninzowelognnaarncraniaalog,nalogsnnaarncaudaalog.nDenhondennzipnnvaaknzeern
acuutnernstinziek,nennkunnennsnelognoverlogipden.nErnwordtniesuiiereerdndatnerneennrelogatenisntussennden
frequentenvannvoerennennhetnoptredennvanndezenaandoenini.nEennlogaierenvoerfrequentenieefn
moielogipknmeernkansnopnhetnontstaannvannmaaitorsies.
a. Omndenassociatentussennvoerfrequentenennmaaitorsientenbestuderennkunnpenhetnbesten
iebruiknmakennvanneenncase-controlognstudie.nEennmaaitorsienisneennzelogdzamenaandoenini.
Vannden45nhondenndienaanndenkloginieknvoorniezelogschapsdierennwerdennaaniebodennmetneenn
maaitorsienblogekennern8ntenzipnndienmeerndanndrienmaalogndaaisnievoerdnwerden.nBipneenniroepnvann90n
patëntenndienomneennanderenredennbipndenkloginieknwerdennaaniebodennblogekennern17ntenzipnndienmeern
danndrienmaalogndaaisnwerdennievoerd.
Exposied Non-iexposied Totaal
Casie 8 37 45
Control 17 73 90
Totaal 25 110 135
b. Nuniaannwendenmeestncorrectenmaatnvoornassociatentussennvoerfrequentenennhetnoptredenn
vannmaaitorsiesnberekenen.nWenmakenneerstnhetncommandontorsie:n
torsiie=matrix(c(8,37,17,73),ncol=2, byrow=TRUE).nOmdatnwendentabelognpernripninnmoetenn
vuloglogennmoetnpenzorienndatndenietaloglogennooknopnvologiordenvanndenripnwordenninievulogdninnhetn
commando.
Nuniaannwendenoddsnratonmetnbetrouwbaarheidsintervalognberekenen.nDitndoennwendoornhetn
commandontorsiie.iep=iepi2x2(torsiie,alpha=0.05)nuitntenvoeren.nVervologiensnwiloglogennwenden
resulogtatennziennviansummary(torsiie.iep).n
Jenzietndatndenschatninvanndenoddsnraton0.928nis.nDenkansnopndenRFn(3xnvoerennofnmeer)nisn
0.928nalogsnpeneenncasenvs.neenncontrolognbent.neetn95%nbetrouwbaarheidsintervalognwatnhierbipn
hoortnisn(0.367;n2.35).n
Letnwelognop:ndenformulogerininvanne0nisninnbovenstaandenuitwerkininfout!
4
,SamenvatninWCnEpidemiologoiienEnEconomie IrisnSchoonderwalogdt
Bipnverderenbeoordelogininvanndenieievensnblogeekndatnvanndenmaaitorsienpatëntennern40ntotndeniroten
rassennierekendnmochtennworden,n7nvanndezendierennblogeeknfrequentnievoerdntenworden.nBipndeniroep
vann90n‘overiie’npatëntennwarennern30nhondenndientotndenirotenrassennierekendnmochtennworden,n
vanndezen30nwerdennern15nfrequentnievoerd.
Grootnras:
Exposied Non-iexposied Totaal
Casie 7 33 40
Control 15 15 30
Totaal 22 48 70
Klogeinnras:
Exposied Non-iexposied Totaal
Casie 1 4 5
Control 2 58 60
Totaal 3 62 65
c. Ooknnuniaannwenweerndenmeestncorrectenmaatnvoornassociatentussennvoerfrequentenennhetn
optredennvannmaaitorsiesnberekenennvoornzowelogndenirotenrassennalogsndenklogeinenrassen.nWen
doennditnopndezelogfdenmaniernalogsnnet,nmaarnwenmakennnunvoornzowelogndenirotenalogsndenklogeinen
rassenneennapartncommando:
- nGrotenrassenn:ntorsieih=matrix(c(7,33,15,15),ncolog=2,nbyrow=TRUE)n+n
torsieih.ep=epi2x2(torsieih,alogpha=0.05)n+nsummary(torsieih.ep)
- nKlogeinenrassenn:ntorsiekh=matrix(c(1,4,2,58),ncolog=2,byrow=TRUE)n+n
torsiekh.ep=epi2x2(torsiekh,alogpha=0.05)n+nsummary(torsiekh.ep)
Grotenrassen:
Denoddsnratonisn0.212nmetneenn95%nbetrouwbaarheidsintervalognvann(0.072;n0.628).
Klogeinenrassen:
5
,SamenvatninWCnEpidemiologoiienEnEconomie IrisnSchoonderwalogdt
Denoddsnratonisn7.25nmetneenn95%nbetrouwbaarheidsintervalognvann(0.536;n98.153).
d. DenORnisnteninterpreterennalogsndenRR.nVoorndenirotenrassennielogdtndatndeniroepndienfrequentn
wordtnievoerdn0.212nmeernkansnheefnopnhetnontwikkelogennvanneennmaaitorsiendanndeniroepn
dieninfrequentnwordtnievoerd.nAndersniezeidnisndenkansnopnhetnontwikkelogennvanneenn
maaitorsien1/0.21n=n4.7nmaalogniroterninndeniroepndieninfrequentnwordtnievoerd.n
Voorndenklogeinenrassennielogdtndatndeniroepndienfrequentnwordtnievoerdn7.25nmeernkansnheefn
opnhetnontwikkelogennvanneennmaaitorsienverielogekennmetndeniroepndieninfrequentnwordtn
ievoerd.nInnditnievalognwarennernechternwelognweiniincases,nwatnhetnresulogtaatnonbetrouwbaarn
maakt.
Opdracht 2
BipnkatenninnNederlogandnvondneennuitbraaknplogaatsnvanneennzenuwaandoeninin(pology-neuropathie)n
waarbipneennpartëlogenverlogammininoptrad.nVanndeninntotaalogn2nmilogpoennkatenninnNederlogandnblogekennern500
denaandoenininiekreienntenhebben.
a. Weniaanndenziektemaatnberekenenndienpastnbipnhetnoptredennvanndezenaandoenini.nOmdatnwe
tenmakennhebbennmetneennbinairenvariabelogen(ziek/nietnziek)nbinnennéénniroepn(katenninn
Nederlogand),nmakennweniebruiknvannprop.test:nprop.tiest(500,2000000):
Overndeniehelogenperiodenvanndenuitbraaknisndenincidenten0.00025.neetn95%n
betrouwbaarheidsintervalognhierbipnisn(0.0002287895;n0.0002731521).n
b. eetnbetrouwbaarheidsintervalognieefnaanndatnern95%nkannisndatnbovenstaandenintervalognden
werkelogipkenkansnvannhetnoplogopennvannpology-neuropathienbevat.nDitnielogdtnaloglogeenntpdensnden
uitbraak.nJenhebtndusnnietnalogtpdndezenkans.
c. Omnerachterntenkomennwatndenmoielogipkenoorzaaknisnvanndenieobserveerdenverschipnselogennzoun
peniebruiknkunnennmakennvanneenncase-controlognstudie.nOoknhiernbetrefnhetnweerneenn
zelogdzamenziekte,nenndenuitbraaknisnalognvoorbipn(waardoorneenncohortnstudiennietnmeernkan).n
Bipnverdernonderzoeknblogeekndatnbipn53nvannden60n“ondervraaidendieren”nmetndenzenuwaandoeninineen
bepaalogdnsoortnvoerniebruiktnwas.nBipndierennwaarbipnieennafwipkininieconstateerdnwasnblogeekndatn17n
vannden60ndierennditnvoernkreien.
d. Ziiek Niiet-ziiek
Voier X 53 17
Andier voier 7 43
6
,SamenvatninWCnEpidemiologoiienEnEconomie IrisnSchoonderwalogdt
Weniaannditnweerninneenn2x2ntabelognzeten:nzienuw=matrix(c(53,17,7,43),ncol=2,byrow=TRUE).
Omndenassociatematennenndenbetrouwbaarheidsintervaloglogenntenberekenennmakennweniebruikn
vannzienuw.iep=iepi2x2(zienuw,alpha=0.05).nVoorndenresulogtatennmaaknpeniebruiknvann
summary(zienuw.iep).n
Denoddsnratonisn19.151nmetneenn95%nbetrouwbaarheidsintervalognvann(7.267;n50.407).nJenmain
denORnalogsndenRRninterpreteren:ndenkansnopnziektenisnonieveern19xniroternalogsndenkatnvoernXn
heefniehadndannalogsndenkatnandernvoernkreei.
e. Wenwiloglogennnunwetennofndenassociatensiinifcantnis.nOmdatnwentenmakennhebbennmetntween
variabelogennpernexperimentelogeneenheidn(ziek/niet-zieknennvoernX/andernvoer)nmakennwen
iebruiknvanndenchi-kwadraatntest:nchisq.tiest(zienuw).
Afierondnisndenp-waarden0.nDenkansnisndusnonieveern0%ndatndezenwaarneminiennopntoevalogn
berustennenndusnisndenassociatensiinifcant.nOfndenievondenn(siinifcante)nassociatenookn
causaalognis,nkannhieruitnnietnwordennafielogeid.nErnzounconfoundininkunnennspelogen.nDen
voerfabrikantnzoundusnverdernmoetennnaiaannofnhetnvoerndaadwerkelogipkndenoorzaaknis.
eetnisnmoielogipknomneenndatasetnalogsndeze,nmetneenn0/1-variabelogenalogsnafankelogipkenvariabelogen(dependentn
variabloge,ninnditnievalogndenzenuwaandoenini)nenneenn0/1-variabelogenalogsnonafankelogipkenvariabelogen
(independentnvariabloge,nhetnvoertype),ntenanalogyserennmetnlogoiistschenreiressie.nWatnditnpreciesnis,nzienn
weninnWCn5.neiernalogvastneennoutputabelognvanndezenanalogysenmetnhetnstatstschnpakketnSPSS:
Variablies in thie Equaton
B S.E. Walogd df Sii. Exp(B) 95%nC.I.fornEXP(B)
Lower Upper
Voertype(1) 2.952 .494 35.752 1 .000 19.151 7.276 50.407
Stepn1a
Constant -1.815 .408 19.838 1 .000 .163
Variabloge(s)nenterednonnstepn1:nVoertype.
7
, SamenvatninWCnEpidemiologoiienEnEconomie IrisnSchoonderwalogdt
InnkologomnBnzienpeninndenripn“Voertype”,ndenLNn(natuurlogipkenlogoiaritme)nvanndenieschatenoddsnrato,nmetn
daarachterndenstandardnerror.nDenexponentn(e^)nvannBnisnielogipknaanndenOR.nInndenkologomnEXP(B)nwordtn
dezenoddsnratondusnweerieievenn(contrologeernhiermeenuwneiiennberekenini),nmetndaarachternhetn
95%nbetrouwbaarheidsintervalog.nVoorndenberekenininwordtndenstandaardnormalogenverdelogininiebruikt.
f. 99%nbetrouwbaarheidsintervalognvanndenLNn(oddsnrato):nBn±nz0.01nxnSEn=n2.952n±n2.58n
(standaardnbipn99%)nxn0.494.nDitnieefneennintervalognvann(1.68;n4.23).n
i. Omntotnhetn99%nbetrouwbaarheidsintervalognvanndenoddsnratontenkomennmoetnpendene-machtn
nemen:n(5.37-68.72).
8
