Samenvatting
BIF20306 Introduction to Bioinformatics Samenvatting
Uitgebreide samenvatting van collegestof boek behandeld bij het vak Introduction to Bioinformatics.
[Meer zien]Voorbeeld 2 van de 25 pagina's
Voorbeeld 2 van de 25 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
2 beoordelingen
Door: woutervanas • 5 jaar geleden
Door: lorenzonielen • 5 jaar geleden
Voorbeeld van de inhoud
CHAPTER 4: PRODUCING AND ANALYSING SEQUENCE ALIGNMENTS1970 - uitvinding DNA sequencing technieken
Achterhalen functe van nieuwe sequentee
Alignments --> sequentes vergelijken et elkaar
o achterhalen type eiwit en functe waarvoor gen codeert.
Wel/geen (deel van) eiwit-coderend gen
Genfamilie --> genen et gelijke functe
Vergelijken DNA/eiwit sequentes verschillende organis en --> aken fylogenetsche bo en,
achterhalen evolute
4.1 Principles of Sequence Alignment
Moeilijkheden bij vergelijken van sequentese
Sequentes veranderen gedurende evolute
o Mutate + selecte
Punt utate, delete, inserte
Fusie van sequentes van 2 genen
Pseudogenes --> sequente in geno isch DNA die lijkt op sequente van bekende eiwitcoderende
sequente aar geen eiwit produceert!
Alignment --> lokaliseren equivalente regios van 2 of eer sequentes --> axi aliseren
overeenko sten
Mogelijk door introduceren van gaps --> geven delete/inserte aan
Alig ent laat si ilarity en ho ology zien
Similarity --> sequentes atchen et elkaar
Homology --> sequentes atchen et elkaar door afsta ing van ge eenschappelijke
voorouder
Overeenko sten in sequente wil niet altjd wijzen op overeenko ende functe
Zeer verschillende sequentes kunnen coderen voor eiwiten et bijna zelfde functe
Convergent evoluton
Onafankelijk van evolute zelfde structuur/functe
Divergent evoluton
Verschillende structuren van zelfde co on ancestor
Scoring shemes tabel waarin scores staan waar ee de ft van de align ent kan worden
aangegeven
Ho ologie beter waar te ne en in eiwitsequentes dan nucleotde sequentes.
In nucleotde sequente veel eer kans op veranderingen door toeval
o Zijn aar 4 nucleotden en 20 a inozuren
Meerdere codons coderen voor hetzelfde a inozuur.
, 4.2. Scoring Align ents
Kwaliteit align ent eten door kwanttateve score
Best mogelijke ft vinden voor een align ent scores
Optmal alignment align ent die de beste score geef
Suboptmal alignment align ent et goede score, aar niet de beste.
Makkelijkste anier kwantfceren si ilarity percentage identty
Identty graad waarin sequentes identek zijn op ieder posite
Percentage identty aantal identeke atches / totale lengte sequente 100%
Dot-plot visuele weergave van si ilarity
1 sequente vertcaal en 1 horizontaal
Stp gezet waar de residuen identek zijn
In dot-plot ook 2 identeke sequentes et elkaar vergelijkene
Residu 1 horizontaal ko t altjd overeen et residu 1 vertcaal ontstaat lijn in dot plot
o Schuiven et sequentes qua posite en identeke delen vinden repeats
Bijv residu 1 tegenover residu 20 geef een paar residuen achter elkaar een
atch, dan is dit deel een repeat.
Window length instellen van lengte van frag enten et overeenko ende residuen
Grotere windowlength, alleen delen weergeven die veel opeenvolgende residuen hebben
Minimum identty score ini u aantal a inozuren van de windowlength dat een atch oet
zijn
X van de y a inozuren oet in ieder geval een atch zijn.
Hogere ini u identty score beter te lezen dot-plot
Matches hoeven niet perse identek te zijn
A inozuren lijken op elkaar en kunnen elkaar daardoor vervangen
A inozuren die op elkaar lijken in eigenschappen ogen geteld worden als atch
Overall alignment scores score voor de gehele align ent
Minimum percentage identtt
> 30% identty ho ology
20% -- 30% twilight zone, ho ology kan aanwezig zijn aar kan niet worden aangeno en
< 20% identty midnight zone geen ho ology
Verschil tussen 2 ho ologe sequentes evolutonary distance
Hoge identity korte evolutionaire tiidd nog niet veel kans gehad tot mutatiess!
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper eknaw. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €5,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 52510 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen