Samenvatting voor de cursus Bioinformatica bij de studie Life Science (Biologie en medisch laboratoriumonderzoek). Dit is een korte samenvatting/overzicht van de begrippen en toepassingen bij de cursus. Onder andere een overzicht van de gebruikte Linux commands.
Inhoud
Belangrijke sites en programma’s................................................................................................................. 2
Scripts........................................................................................................................................................... 3
Les 1 De onbekende bacterie........................................................................................................................ 4
Les 2 De bekende bacterie............................................................................................................................ 6
Les 3 Het Eukaryote Genoom........................................................................................................................ 7
Les 4 De grote vriendelijke server................................................................................................................. 8
Linux (putty) informatie............................................................................................................................ 8
Linux commands....................................................................................................................................... 9
Les 5 Knippen en plakken met DNA............................................................................................................ 11
Les 6 De eiwit code..................................................................................................................................... 12
Les7 Mutatie analyse.................................................................................................................................. 13
Les 8 Moleculaire Pathways........................................................................................................................ 14
Les 9 De Histoncode.................................................................................................................................... 15
Les 10 Eiwit-DNA interacties....................................................................................................................... 17
Het maken van een script:...................................................................................................................... 19
Oefententamen.......................................................................................................................................... 20
Module 1 (1 t/m 5) bestaat uit de opbouw van het genoom en in module 2 (6 t/m 10) staat het eiwit
centraal.
1
,Belangrijke sites en programma’s
Les 1: De onbekende bacterie
DNA baser Assembler: Wordt gebruikt om DNA contigs aan elkaar te plakken. En herkennen van fouten
tijdens het sequencen.
Fouten in de DNA strengen herekennen:
https://seqcore.brcf.med.umich.edu/sites/default/files/html/interpret.html#miscalls
Les 2 De bekende bacterie
National Center for Biotechnology Information https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Nucleotide/protein BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Wat is het eiwit en wat doet het?
Reverse complement maken van een sequentie: http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html
Les 4 De grote vriendelijke server
Linux commands
Inlog Putty: BID18b_femkedegier
Les 6 De eiwit code
Eiwittranslatie www.ebi.ac.uk/services
Moleculair gewicht en iso elektrisch punt berekenen.
https://web.expasy.org/compute_pi/
Les 7 Mutatieanalyse
UCSC Blast: http://genome.ucsc.edu/
Al wetende wel gen je onderzoekt, identifier nodig. Sequenties uit halen.
Les 8 Moleculaire Pathways
Kegg: brengt de moleculaire pathways op interactieve wijze in kaart:
https://www.kegg.jp/
Les 9 De histoncode
NCBI -> zoekbalk = structure -> enter -> brengt je in de databank voor visualisatie van eiwitten.
C3nD = programma waarin de 3D structuur van een eiwit wordt bekeken.
https://www.uniprot.org/ Informatie over de functie van een eiwit.
Les 10 De DNA-eiwit interacties
De lengte van ieder humaan chromosoom is te vinden in
www.ncbi.nlm.nih.gov/grc/human/data (Koppelingen naar een externe site.)
2
, Scripts
ExtractCDS.pl Haalt de CDS uit de DNA sequentie
Dna2peptide.pl Vertaald de CDS naar een eiwit
EiwitMutations.pl Detecteert mutaties
dna2peptide_v1.pl Van DNA naar peptide
GenoomSelect.pl We gaan als eerste de fragmenten selecteren van
het BED bestand die binnen het gebied liggen
rondom een gen.
3
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper Femkedg0203. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €3,49. Je zit daarna nergens aan vast.
