Whole genome shotgun approach
● Kleine stukjes DNA sequencen
● Overlap tussen verschillende stukken
● Lastig vanwege repeterende sequenties
● Makkelijker als je al een referentie
genoom hebt
Metagenomics
● DNA isoleren van een populatie van
organismen (meerdere organismen
tegelijk)
● Voorbeelden:
○ Alle darm bacteriën
○ Alle organismen in emmer
zeewater
● Sequencen van al het DNA tegelijk
● Bepalen welke organismen er
voorkomen in monster
1
, Concept 20.2
● Bio informatica
○ Online tools en databases
■ Software programma dat sequenties aligned of vergelijkt
■ Worldwide database van alle 3D eiwit structuren
■ Meestal gratis beschikbaar
■ Hoeveelheid data/sequenties gigantisch
■ Op zoek naar verbanden/verschillen in sequenties
● Bio-informatie
■ Beschikbaar en doorzoekbaar maken voor wetenschappers
● Genbank
○ Sequenties
○ Tools voor analyse
● Gen annotatie: op zoek in genoom sequentie naar genen
○ Grotendeels geautomatiseerd sporen naar:
■ Bekende start en stop sequenties voor translatie/transcriptie
■ Bekende sequenties leidend tot splicing
■ Vergelijken met EST-sequenties (Expressed Sequence Tags)
● EST sequenties zijn sequenties gevonden in mRNA
○ Functionele studies vervolgens nodig om uit te zoeken wat gen doet
■ Voorbeeld uitschakelen met Crispr Cas9
● Systeembiologie: bestuderen van dynamisch gedrag biologisch systeem
○ Door bestuderen van interacties tussen de onderdelen
○ Een kaart maken van alle interacties tussen genen in de cel
■ Meer interessant: interacties tussen eiwitten!
○ Proteomics: bestuderen van het proteoom (alle eiwitten in de cel)
■ Interactie plattegrond van eiwitten in gist
■ Clusters van eiwitten betrokken bij bepaalde celprocessen
○ Toepassingen
■ Cancer genome atlas project
● In kaart brengen van alle mutaties in bepaalde kankersoorten
● Overeenkomsten tussen kankertypen geven mogelijk ook aan dat
ze gevoelig zijn voor dezelfde therapie
2
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper Sanne2301. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €2,99. Je zit daarna nergens aan vast.