Complete oplossing (en opgave) van practicum 3 tot 5 in het engels. Ook samenvatting van de bijhorende ppt. Bevat codes en screenshots van de oplossingen in R. Alles is heel snel en makkelijk vindbaar en duidelijk onderverdeeld in de verschillende practica.
Dit is het deel dat op het eindexamen ...
• Genetic analysis of age-related hearing impairment
• Phenotype : Z-score
- Standardized measure for hearing quality
- Lower Z-score = better
• Association between Zscore and genotype
- SNP genotype : aa, ab, bb
• ANOVA : SNP GT = categorical
• Regression : SNP GT = 0,1,2
• Find SNP associated with phenotype
2 ways to analyse this
1) consider genotype categorical variable and do one way anova
2) Consider genotype to be a nr (count nr of rare alleles) (bb has 2 rare alleles)
Repetitive analysis
• Regression :
- one dependent numeric variable (Y)
- several independent (X) variables
• Regress Y on all separate X-variables
- à several times simple linear regression/ANOVA
1
,Y Xvar1 Xvar2 Xvar3 Xvar4
5.71 aa ab aa ab
-0.93 aa ab ab aa
2.58 ab bb bb aa
In columns the genotype
In the regression, the Y, the numeric phenotype = dependent variable (outcome)
We want to know p, which associations are significant
Don’t run all individually (anova) à smarter ways to do it trough R
R is useful for repetitive analysis
For the first Xvariable
myModel<- lm(Y ~ Xvar1)
For the second Xvariable
myModel<- lm(Y ~ Xvar2)
For the third X variable
myModel<- lm(Y ~ Xvar3)
• 1 analysis:
• myModel<- lm(Y ~ allXvars[,1])
For the first X variable
myModel<- lm(Y ~ allXvars[,1])
For the second X variable
myModel<- lm(Y ~ allXvars[,2])
For the third X variable
myModel<- lm(Y ~ allXvars[,3])
Could also run
i<-1
myModel<- lm(Y ~ allXvars[ ,i])
i<-2
myModel<- lm(Y ~ allXvars[ ,i])
i<-3
2
, myModel<- lm(Y ~ allXvars[ ,i])
Than have everytime the same formula, but you change i
Can ask R that i goes trough all the values
For-loop
• Let i run through all values from i to n, for all commands within the {curly braces}
for(i in 1:3) {
myModel<- lm(Y ~ allXvars[ ,i])
}
In curly brackets put value that i needs to run trough
Will be executed for i= 1, i=2, i=3
Parameter estimates in a loop
• Suppose in each step you estimate a parameter or a p-value
• First create empty vector to save the output from each step
p.value<-rep(NA,3)
for(i in 1:3) {
myModel<-lm(Y ~ allXvars[ ,i])
p.value[i]<-anova(myModel)[1,5]
We need p-values
Have to extract p value from that model, but we don’t want to overwrite the p-value
Have to extract and store it somewhere
First create an empty vector
Rep=repeat
Before start loop, create empty vector with 3 spaces
In the first loop you assign the result of the p value to the first place of the empty vector
When R has finished the loop, the vector has been filled and contains all p values of all loops
Automation with new function
• Piece of script, to be carried out multiple times
Data<- read.table(“input_1.txt”)
p.value<-t.test(…)
write.table(p.value,file=“output_1.txt”)
• Initialize the new function
- Select code and run
- Each time you restart R
- No output
• Run
doMyAnalysis(“input_1.txt”,”output_1.txt”)
doMyAnalysis(“input_2.txt”,”output_2.txt”)
doMyAnalysis(“input_3.txt”,”output_3.txt”)
Further automation
• Using a list object
- Consists of other objects (elements)
- Individual elements accessed by double square brackets
list.object[[i]]
• Here
- Put input files and/or output files in a list
- 1 list-objects, containing the 3 input-dataframes
Combine list and for-loop
• First create empty list
Mylist<-vector(“list”,n.elements)
• Read in the 3 inputfiles
4
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper paulienmeulemeester. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €6,69. Je zit daarna nergens aan vast.
