100% tevredenheidsgarantie Direct beschikbaar na je betaling Lees online óf als PDF Geen vaste maandelijkse kosten
logo-home
Eerder door jou gezocht
Eerder door jou gezocht
logo
Samenvatting Opdrachten biologische database van Blackboard €3,49
In winkelwagen
Snel navigeren naar
Voorbeeld
  2.  
  3. Avans Hogeschool (Avans)
  4.  
  5. Biologische database

Samenvatting

Samenvatting Opdrachten biologische database van Blackboard

1 beoordeling
 1 keer verkocht

Het betreft de meeste opdrachten van biologische database die gemaakt zijn via blackboard. Het vak wordt gegeven in het tweede leerjaar van de opleiding Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek.

Voorbeeld 3 van de 19  pagina's

Document informatie

  • 3 januari 2020
  • 19
  • 2019/2020
  • Samenvatting

Onderwerpen

Geschreven voor

Alle documenten voor dit vak (3)

1  beoordeling

review-writer-avatar

Door: neeledoomen • 5 jaar geleden

Verkoper

avatar-seller
Niempje21

Ontvangen beoordelingen

Voorbeeld van de inhoud

Biologische Database
Opdrachten van BlackBoard
Chapter 1

Wat betekent ‘’locus’’?
Een locus betekent een plaats, ruimte of plaats, vooral een centrum van een acitiviteit. In de biologie
is de locus in de genetica een vaste positie op een chromosoom, zoals de positie van een gen of een
merker (genetische marker).

Werkt AMEL PCR alleen met menselijke monsters?
Een AMEL PCR werkt op veel andere soorten.

Finding AMELX
AMELX-gen is bij veel soorten gemeld. Controleer het gedeelte ‘’resultaten per taxon’’ en
beantwoord de volgende vragen. Hoeveel soorten heeft het AmelX gen gerapporteerd in NCBI?
Er is geen vast aantal per jaar, maar het neemt elk jaar toe.




Wat betekend CCDS? Hoeveel records vind je nu? Wat zijn zij? Wat kunt u ermee doen?
CCDS (collaborative consensus coding sequence) volgt identieke eiwitannotaties op de
referentiemuis en menselijke genomen met een stabiele identifier, en zorgt ervoor dat ze consistent
worden weergegeven op NCBI, EnsembI en UCSC Genome Browsers. Er zijn 16 CCDS voor dit gen. Het
CCDS project is een gezamelijke inspanning om een kernreeks eiwitcodingeringsregio’s te
identificeren die consistent zijn geannoteerd en van hoge kwaliteit. Het kennen van de conserus
coderende sequentie van een gen zal enorm helpen in de moleculaire biologie. We zullen weten
welke DNA sequenties echt in een gestandaardiseerde versie van AMELX zijn, daarom kunnen er
betere primers ontwerpen.
Klik op het AmelX gen van de mens, u wordt naar het record van dit gen geleid:
 Wat is de locatie van dit gen?
Xp22.2
 Welk chromosoom?
X
 Van waar naar waar?
In menselijke genoomversie 38 is het 11293413..11304149.
In menselijke genoomversie 37 is het 11311533..11318881.
 Welke richting (achteruit of niet)?

, Van 11111332  11665920
 Hoeveel exons heeft het?
7
Kijk goed naar de grafische weergave van dit gen, probeer verschillende opties, klik op
‘’GeneBank’’ en beantwoord de vragen:
 Hoe groot is exon 3?
48
 Hoe groot is dit gen?
7349 bp

Run your First BLAST search
What are the major types of BLAST in NCBI?
1. Nucleotide BLAST (BLASTn)
2. Protein BLAST (BLASTp)
3. Protein against translated nucleotide (tblastn)
4. Translated nucleotide against protein (blastx)
What are the differences of ‘’optimize for highly similar sequences’’ (megablast), optimize for more
dissimilar sequences (discontiguous megablast). Optimize for somewhat similar sequences (blastn)
options?
Megablast is intended for comparing a query to closely related sequences and works best if the
target percent identity is 95% or more but is very fast.
Discontiguous megablast uses an initial seed that ignores some bases (allowing mismatches) and is
intended for croos species comparisons.




What does the red line mean?
The red lines are the representation of alignments of the query and the hits. If it is not broken, there
is no gap.
The bit score is under this line.
Why is it broken?
The broken parts have less alignments.

, What does this line mean?
 A dot matrix analysis is a method for comparing two sequences to look for
possible alignment (Gibbs and McIntyre 1970)
 One sequence (AMELX) is listed across the top of the matrix and the other
(AMELY) is listed down the left side
 Starting from the first character in AMELY, one moves across the page
keeping in the first row and placing a dot in many column where the character in
AMELX is the same
 The process is continued until all possible comparisons between AMELX
and AMELY are made
 Any region of similarity is revealed by a diagonal row of dots
 Isolated dots not on diagonal represent random matches
In short, the Y-axis is AmelY and the X-axis is AmeX, if the nucleotide at a
position is the same, you get a dot on the picture. When you have ~7000
continuous dots, they show up like a line.
If the genes are identical to each other, you have a continous perfect 45
degrees line. But if they are very different from each other, you will have
broken lines leaning ranging from 1-90 degrees. Sometimes, when the genes are
in opposite direction of each other, you will have a 135 degrees line.

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, creditcard of je Stuvia-tegoed en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Direct to-the-point

Direct to-the-point

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper Niempje21. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €3,49. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 69052 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 15 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Begin nu gratis
€3,49  1x  verkocht
  • (1)
In winkelwagen
Toegevoegd