DNA Sequencing Exam Questions and Answers Graded A+
2 keer bekeken 0 keer verkocht
Vak
DNA Sequencing
Instelling
DNA Sequencing
DNA Sequencing Exam Questions and Answers Graded A+
what is first generation sequencing and what did it involve? - Answers sanger sequencing
-> used radioactive dideoxynucleotide triphosphates (ddNTPs) as DNA chain terminators
-> gel-based and ran on gel
-> then moved to capillary pol...
DNA Sequencing Exam Questions and Answers Graded A+
what is first generation sequencing and what did it involve? - Answers sanger sequencing
-> used radioactive dideoxynucleotide triphosphates (ddNTPs) as DNA chain terminators
-> gel-based and ran on gel
-> then moved to capillary polymers that would do that in sequencing farms
what is the Phred score? - Answers quality score for each nucleotide
Q = -10log10 P
P = probability that the base is incorrect
log transformed probability that the base is incorrect
we want a score of >20!
What is P (phred score) derived from? - Answers 1. peak spacing (ratio of largest to smallest in window
of 7)
2. uncalled/called ratio in a window of 7 peaks
3. uncalled/called ratio in a window of 3 peaks
4. peak resolution
what does a Q score of 10 vs 20 mean?> - Answers 10: 1 in 10 probability wrong
20: 1 in 100 probability wrong
how did the human genome project work? - Answers make BAC libraries from human genome and then
sequence that
how was sequencing used clinically? - Answers used to look for SNPs
-> homozygous would have double the signal of heterozygous
how is 1st gen and 2nd gen (and 3rd gen) sequencing different? - Answers 1st gen:
gel-based or capillary sequencing
- long
, - template is not single molecule (PCR)
- $1/read
- 37M/10X haploid genome
-non-reversible terminators
- not clonal
- analogue detection of fluorophores
2nd gen:
massively parallel sequencing
- short (2*100 bases)
- template clonally derived from single molecule
- $0.00125/read
- 10K / 30X haploid
-reversible terminators
-clonal sequencing
- automatic detection and base calling
3rd gen
- single molecule reads
- very long reads
- low quality and reliability
how to construct 2nd gen sequencer library? - Answers DNA/cDNA
-> shear into Pool of Random fragments
-> end repair and ligate w/ adapters (known sequences)
-> PCR amplify
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper TutorJosh. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €7,78. Je zit daarna nergens aan vast.
