Samenvatting
Samenvatting pathogenetica
- Vak
- Instelling
Dit is een samenvatting van pathogenetica. Ik heb deze samenvatting gemaakt adhv de powerpoints en de lessen. (alle thema's)
[Meer zien]Voorbeeld 4 van de 60 pagina's
Voorbeeld 4 van de 60 pagina's
In winkelwagen
In winkelwagen
gesponsord bericht van onze partner
Verkoper
Volgen
nien1234
Ontvangen beoordelingen
Voorbeeld van de inhoud
PATHOGENETICA: hoofdstuk 1Sectie 1: het DNA
Terminologie
Genoom = al het erfelijke materiaal in een cel
= optelsom van DNA op chromosomen
= mitochondriaal DNA
à hoe groot is variabel afh van diersoort
Locus = plaats op het genoom
Allel = verschillende versies die je hebt van een bepaalde locus
• Onderscheid: normaal/wild type en abnormaal/mutant type
Genotype = versie v DNA sequentie dat individu heeft op specifieke plaats
Genetische varianten = er is een verschil tov referentie
Mutatie = zeldzame variant, frequentie in populatie van <1%
Polymorfisme = variant die frequenter voorkomt, >1%
Vragen
Is er een link tss # eiwitcoderende genen en complexiteit van organisme?
• Nee: er zijn ook niet eiwitcodernede genen die rol spelen
Is het zo dat contributie van beide ouders nr nakomeling gelijk is (50/50)?
• Nee: mitochondriaal DNA, omgevingsfactoren (V)
Vaak wordt er associatie gemaakt tussen ‘ziekte’ en ‘variant, mutatie,
polymorfisme’ – welke van deze 3?
• Mutatie
Wat kan ervoor zorgen dat zelfde variant er anders uitziet?
• Er is een nieuwe referentie of versie van annotatie
• Er is een andere referentietype
• Forward vs reverse strand
Wat heeft de voorkeur: SNP of SNV?
• SNV, want bij polymorfisme is bijkomende betekenis
Is elke variant belangrijk, speelt elke variant rol in ziektes of erfelijke
kenmerken?
• Nee
Is het genoom van alle cellen van individu identiek?
• Nee: er kan strand slippage en replicatiefouten ontstaan
Variant beschrijven
Volgorde: referentie – versie – type referentie – locatie – allelen
NC_006598.3:g.8789496G>A
Type referentie:
1) DNA: genomisch of coderend
• Genomisch: g. (AGCT)
• Coderend: c. (AGCT)
,2) Transcript: r. (AGCU)
3) Eiwit: p. (aminozuren)
Varianten classificeren
Varianten kunnen klein zijn (1bp) tot zeer groot, knunen zelfs volledige
chromosomen of genomen zijn die varieren
à grens tussen groot/klein = 50 bp
Eigenlijke DNA-verandering
• Deletie = verwijdering van 1, enkele tot grote aantallen nt
• Insertie = additie van 1, enkele tot grote aantallen nt
• Substitutie = vervanging van 1 tot enkele nt
• Puntmutatie = deletie, insertie of substitutie van 1 nt
à single nucleotide polymorphism (SNP) of single nucleotide variant
(SNV) = substitutie van 1 nt
• Inversie = stukje DNA wordt omgedraaid
• Duplicatie= stukje DNA wordt herhaald
• Translocatie = stuk DNA wordt verplaatst
Hoe classificeren?
• Grootte: klein à groot
• Eigenlijke DNA-verandering
• Effect op niveau eiwit: silent – missense – nonsense – frameshift
• Pathogeniciteit: is variant ziekteverwekkend of niet
Effect op niveau eiwit
1) Silent of synonymous variant = gn effect op AZ-samenstelling
2) Missense variant = AZ vervangen dr ander AZ
3) Nonsense variant = codon vr AZ vervangen dr stopcodon
4) Frameshift variant = deletie of insertie gepaard met lengte ≠ 3
Waarom belangrijk?
Beslissingen obv DNA-testen kunnen verregaande consequenties hebben
à dier aborteren, euthanaseren, … is het rev, …
à je mag enkel DNA-testen aanbieden vr gevalideerde varianten
• Niet makkelijk
• Het is niet omdat het aangeboden is dr labo, dat het gevalideerd is
• Veel varianten/individu à weinig F-geassocieerd
• Initiele associatie is niet altijd gevalideerd
Hoe ontstaan varianten
Belangrijk om te weten omdat het een consequentie kan hebben voor het
uitvoeren van DNA-testen
Indeling: spontane en geinduceerde mutagenese
Spontane mutagenese
1) Replicatiefouten
• Replicatie is niet foutloos
• Incorporatie fout nt à 1ste correctie dr DNA polymerase
, • Niet perfect: mutatiefrequentie 1.1-1.7 x 10(-8)
2) Strand slippage thv repeats
Tandem repeat = sequentie van 2/meerdere DNA bp dat herhaald is in die
manier dat de herhalingen naast elkaar op chromosoom liggen
(belangrijk vr ouderschapscontrole)
• Mutatiefrequentie: 1 x 10(-3 a -4)
Waarom belangrijk om mechanisme te kennen?
• Afhankelijk van lengte van stuk ga je ander effect hebben
• Lengte allel speelt dus zol
Vb: Merle en strand slippage à onverwachte resultaten, double merles
• Gevolgen qua DNA test: nodig bij nakomelingen
• Gevolgen op niveau dier: aanw meerdere allelen in versch weefsels
= mosaicisme = aanw cellen binnen individu met ander genoom van
rest van individu
Sectie 3: link met fenotypes
Mutatie = verandering van het normale DNA
• Kan grote effecten hebben, bv vachtkleur = 1 mutatie
Mendeliaans of monogenetische aandoening: één vernadering in DNA à
wereld van verschil
Polygenetische of multifactoriele aandoening: samenspel genetische
vernaderingen en omgevingsfactoren
Mendeliaanse monogenetische aandoening
1) Autosomaal D: 1 slecht allel = ziek (bv: renaal cystadenocarcinoma)
2) Autosomaal R: 2 slechte allelen = ziek (bv: multidrug resistance of
haarlengte)
3) X-linked aandoeningen: X-linked D of R: Onderscheid tussen M/V
à dominant X-linked
• M en V: 1 slecht allel = ziek
• Prevalentie V >> M
à recessief X-linked
• M: 1 slecht allel = ziek
• V: 2 slechte allelen = ziek
• Prevalentie M >> V
Complicerende factoren
Penetrantie
= probabiliteit op hebben van bepaald F als je bepaald G hebt (dus wat is
kans op het kenmerk)
, Wat is penetrantie van (AA, Aa, aa) bij autosomaal R aandoening?
• 0, 0, 1
Wat is penetrantie van (AA, Aa, aa) bij autosomaal D aandoening?
• 1, 1, 0
Verminderde penetrantie = dieren zijn genetisch allemaal hetzelfde, maar
fenotypisch zijn er sommige die het niet vertonen dat ze bv paars zijn
à penetrantie kan varieren met genotype
Voorbeelden verminderde penetrantie
1) Degeneratieve myelopathie: geleidelijk aan worden symptomen erger
(ten vroegste 5j symptomen krijgen)
2) Exercise induced collapse: vanaf bep mate van inspanning zie je het
Variabele expressiviteit
Dieren hebben allemaal paars, maar sommige hebben het meer/minder
à ze zijn wel allemaal aangetast !!!
Genetische heterogeniteit
Indelen in 2 subgroepen
1) Allelische heterogeniteit = verschillende varianten in zelfde gen
veroorzaken aandoening (bv: degeneratieve myelopathie)
2) Locus heterogeniteit = varianten in verschillende genen veroorzaken
aandoening (bv: hypertrofische cardiomyopathie bij kat)
à varianten kunnen ras-, familie-, individu-specifiek zijn
Compound heterozygositeit
= je verwacht dat dieren die homozygoot zijn voor A, degeneratieve gaan
ontwikkelen – je veracht dat dieren die homozygoot zijn voor T,
degeneratieve gaan ontwikkelen – maar dier dat zwel A als T heeft
(heterozygoot vr beide loci) kan ook symptomen ontwikkelen
= type variant ontstaan wanneer elke ouder 1 alternatief allel doneert en
die allelen zich op versch loci binnen zelfde gen bevinden
Degeneratieve myelopathie: verminderde penetrantie, genetische
heterogeniteit, compound heterozygositeit
Fenokopie
= F veroorzaakt dr milieu-invloeden dat identiek is aan F veroorzaakt dr
variant
Voorbeelden
1) Warfarine vergiftiging: fenokopie genetische stollingsziekte hond
• F = vertraagde stolling bij wonde
• Fenokopie = vit K (nodig vr activatie stollingsfactoren) à activatie à
vit K epoxide à reductie à vit K essentieel vr recuperatie à
warfarine bindt op reductase à blokkage recycling vit K à activatie
stollingsfactoren à sotllingsproblemen
Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:
Bewezen kwaliteit door reviews
Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!
In een paar klikken geregeld
Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, creditcard of je Stuvia-tegoed en je bent klaar. Geen abonnement nodig.
Direct to-the-point
Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper nien1234. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €6,06. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 64257 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 15 jaar dé plek om samenvattingen te kopen
Laatst bekeken door jou
