Samenvatting
Samenvatting Regulome HC2
- Instelling
- Universiteit Utrecht (UU)
College-uitwerkingen van het onderdeel regulome, hoorcollege 2. Inclusief afbeeldingen
[Meer zien]Voorbeeld 2 van de 13 pagina's
Voorbeeld 2 van de 13 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
Verkoper
VolgenVoorbeeld van de inhoud
REGULOME – Lecture 2COO1
p-value en log fold change bepalen drempel vanaf wanneer het differential gene expression is
Always statistical significant
p-value (adjusted for multiple testing) < 0.05
P-value (adjusted, FDR) < 0.1
Fold Change (log2 scale): how much change do I consider biologically relevant?
>1 or <-1
Too little genes --> accept to 0.6 (50% op or 25% down)
Ignore it completely --> 0
Amount of genes
Between 200 and 2000
Good for analysis with Gene Ontology or pathway analysis
Pathway analysis seperately for up- and downregulated genes!
RNA sequencing, transcriptome and
expression quantification
Part 2: RNA-seq (RNA-seq data analysis)
Analyse whole transcriptomes rather efficiently
Start with RNA, not every RNA species that is in the cell (95% is ribosomal RNA)
How to get rid of ribosomal RNA:
o Fish out with probes
o Select only poly-A mRNAs
Fragmentation to short pieces (enzymes, heat) to 100s of bp
Reverse Transcription --> cDNA = sequence library
(Eerst RT dan frag of omgekeerd)
Sequence library has short, random fragments of RNA
, 1: preselect mRNA species,
2: short sequence reads from random parts of mRNAs
After analysis try to reconstruct original transcripts
Benefits (vs. Microarray)
Independence on prior knowledge (just sequence) --> discover new things
High resolution (every single nucleotide is sequenced), good sensitivity (efficient library
preparation, aslo lowly expressed genes), large dynamic range (no problems with highly
expressed genes, ratios reflect real abundance well)
Unravel previously inaccesible complexities (in transcripts)
Challenge
Interpretation is not straightforward
Procedures continue to evolve, no good standards (how many reads?)
Applications (what can you detect?)
Differential gene expression
Gene fusions
Alternative splicing
Novel transcribed genes (no prior knowledge)
Allele-specific expression (one variant more abundantly expressed)
RNA editing (RNA not 100% stable, some bases can be edited later)
Transcriptome for non-model organisms (sequence any organisms you want without
knowing its genome)
From reads to differential expression
Raw sequence data (FASTQ files) --> quality check
Reads mapping. QC for mapped reads
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper inezdenhond. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €5,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 62890 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen