College aantekeningen
Samenvatting Biomethoden 1
- Vak
- Biomethoden
- Instelling
- Hanzehogeschool Groningen (Hanze)
Samenvatting van meerdere colleges Biomethoden
[Meer zien]Voorbeeld 2 van de 12 pagina's
Voorbeeld 2 van de 12 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
1 beoordeling
Door: noboer089 • 2 jaar geleden
Voorbeeld van de inhoud
Biomethoden les 1Inleiding:
- Waarvoor staat RNA?
o Ribonucleïnezuur
- Hoe ziet een monomeer eruit?
o Enkelstreng, met een fosfaat een suiker en een base groep waarbij de U is vervangen
voor een T
- Welke soorten RNA zijn er?
o tRNA
o mRNA
o rRNA
- Waarom isoleer je RNA?
o Om de genexpressie te kunnen bepalen, dit kan door RNA te isoleren en om te zetten
naar cDNA.
▪ cDNA = complementary of copy DNA en bevat alleen exonen.
- Wat doet RNase?
Dit breekt RNA deeltjes af -> degradatie
DNA
Wordt gedaan door transcriptie, hierbij bevinden zich nog intronen en exonen
premRNA
mRNA
wordt gedaan door translatie
Eiwit
RNA processing:
- Splicing
- Poly A staart wordt geplaatst aan de 3’
- Aan de 5’ ontstaat een cap, dit is een gemodificeerd G nucleotide
Trizol/ribosol: wordt gebruikt voor het isoleren van RNA
- Dit zorgt ervoor dat het celmembraan kapot gaat, en dat het RNA niet wordt afgebroken
o Dit komt doordat het een zure pH heeft.
o Voor optimale controle altijd de pH checken
▪ Bij een neutrale pH zal deze stof niet goed zijn werking doen
• Controleren met pH papier
Chloroform: zorgt voor scheiding, hierdoor wordt er een milky substantie en er ontstaan 3 lagen
1. Waterfase, hierin bevindt het RNA
2. Interfase, hierin bevindt het DNA
3. Organische fase (oplosmiddelen), hierin bevinden zich onder andere de eiwitten
Isopropanol: zorgt ervoor dat het DNA en het RNA neerslaat
Nanodrop: apparaat die verschillende dingen in een kleine oplossing kan meten
• Zoals; RNA, DNA of vrije nucleotiden
- 230 nm: organische oplosmiddelen
- 260 nm: RNA en DNA
- 270 nm: piek van fenol
- 280 nm: eiwitten
- 320 nm: algemene achtergrond
, Biomethoden les 2
Het A260/280 ratio vertelt iets over de zuiverheid van het geïsoleerde RNA of DNA, hierbij moet de
waarde liggen tussen de 1,8 en de 2,0.
Deze ratio kan beïnvloedt worden door de pH, bij een hogere pH zal het eiwitgehalte lager zij. Dit kan
komen door het achterblijven van organische oplosmiddelen.
Je kan hiervoor ook kiezen voor een ribogreenassay of een picogreenassay, deze meten de vrije of
gebonden nucleotide. Maar deze techniek is arbeidsintensiever waardoor hij minder vaak wordt
gebruikt.
Voor het omzetten van RNA naar cDNA wordt reverse transcriptase gebruikt, hiervan zijn 3 soorten
1. Random hexameren, dit kan met RNA of DNA
o Voor DNA kan je het weghalen uit een cupje, dan moet er eerst DNase toegevoegd
worden.
2. Oligo dt primers
3. Gen specifieke primers, hierbij wordt de primer gemaakt voor het gen van interesse
o Dit is een 1 staps reactie
o Hierbij krijg je alleen het cDNA van dat stukje gen van interesse
In het experiment voor MRD wordt de M- MLV reverse transcriptase gebruikt, dit is een first strand
synthese systeem. Hierin zitten verschillende stoffen als:
- dNTP > voor het verlengen van DNA met nucleotiden, dus nodig voor de cDNA synthese
- DTT > zorgt voor een goede enzymwerking door het verbreken van de secundaire structuur
waardoor enkele strengen ontstaan
- RNase inhibitor > zorgt ervoor dat de afbraak van RNA stopt
- MgCl2 > zorgt voor het starten van de polymerase, dus voor enzymwerking
PCR mix kunnen berekenen:
Reagentia Stock Cc in 50 Verdunning Voor 1 reactie (50 Voor 31
microliter microliter) reacties
H2O
PCR rxn 10 x 1x 10 keer 50/10= 5 µl *31
dNTP’s 25 mM 250 µM 100 keer 50/100 = 0,5 µl *31
Primer F 25 µM 0,5 µM 50 keer 50/50 = 1 µl *31
Primer R 25 µM 0,5 µM 50 keer 50/50 = 1 µl *31
MgCl2 50 mM 1,5 mM 33,333 ,3 = 1,5 µl *31
keer
Taq. 5 U/ µl 0,04 U/ µl 125 keer 50/125 = 0,4 µl *31
Polymerase
Template 25 ng/ µl 1 ng/ µl 25 keer 2 µl *31
1,4% gel agarose, 75 ml
Massa = 75*0,014 = 1,05 gram agarose afwegen en aanvullen tot 75 ml
15,5 microliter van dNTP nodig, iets meer maken = 5 microliter van elk
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper vredevoort1204. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €5,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 53340 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen