Samenvatting
Samenvatting Moleculaire Diagnostiek 2
Een samenvatting van de lessen moleculaire diagnostiek 2 van het tweede studiejaar MD.
[Meer zien]Voorbeeld 4 van de 36 pagina's
Voorbeeld 4 van de 36 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
Gekoppeld boek
Titel boek:
Auteur(s):
- Uitgave:
- ISBN:
- Druk:
Voorbeeld van de inhoud
Moleculaire diagnostiek 2 – les 1, Human Identification (H10)Veranderingen in genoom
- Puntmutaties (single nucleotide polymorfismes (SNP)) → silent/ missense/ nonsense
- Smale-scale mutaties → inserties/ deleties
- Large-scale mutaties → amplificaties/ chromosomale translocaties
Karyotypering: tumordiagnostiek
- Kleuren van chromosomen
- Spectral karyotypering (SKY)
- Kleurstof gebonden aan specifieke stukken DNA
- Hybridisatie
Hybridisatie (FISH, probe met label)
1. Dubbelstrengs DNA van patiënt → met target sequentie die moet worden
aangetoond
2. Denaturatie
3. Hybridisatie met gelabelde probe → tijdens renaturatie van DNA hecht de probe aan
de complementaire sequentie in het DNA
PCR
- Denaturatie → 94 °C
- Annealing → hybridisatie van primers/ Ta = Tm-5/ stringentie wordt met name door
de temperatuur bepaald
- Elongatie → 72 °C
(Reverse transcriptase: zet mRNA om in cDNA wat kan worden gebruikt voor PCR)
Analyse van PCR
1. Aantonen van PCR product → kleuring met ethidiumbromide (kwalitatief of
kwantitatief)
2. Identificeren van een PCR product → hybridisatie met een gelabelde probe
Speciale PCRs
Multiplex PCR
- Meerder primersets in 1 reactie
- Binnen 1 monster meerdere bepalingen
- Q: wie is met grote waarschijnlijkheid het slachtoffer van de verdachte
Detectietechnieken
Direct
- Absorptie bij 260 nm
- Fluorescerende kleurstoffen: bv. Ethidiumbromide en midori green
Indirect
- Hybridisatie (met probes)
- Immunologisch (met antlichamen)
Detectie van hybridisatie:
Direct:
, - Elektronenmicroscoop
Indirect via gelabelde probes
- Radio-isotopen → autoradiografie
- Fluorochromen → fluorescentiemeting
- Haptenen → specifieke antilichamen
- Enzymen → substraatomzetting (spectrofotometrie, luminescentie, gekleurd
neerslag)
Scheidingstechnieken
Elektroforese
- Southern blot (DNA)
- Northern blot (RNA)
DNA sequencing
- Sanger sequencing
DNA polymorfismes
- Grote verschillen in DNA tussen mensen → omdat 98% niet codeert voor genen
- Ong. elke 1000 tot 1500 bp is ons genoom verschillend → SNP (Single Nucleotide
Polymorfismes)
- Naast SNP ook verschillende repeterende stukken DNA waarvan iedereen een ander
aantal repetities heeft
Human Identification
Waarom?
- Forensische vraagstukken (wie is de dader)
- Klinische vraagstukken (is het monster wel van die patiënt/ donoren/ transplantaties)
- Persoonlijke vraagstukken (wie is de vader)
Vroeger: eiwitten
Tot 1988: Polymorfe eiwitten
- ABO en rhesus
- HLA (human leukocyte antigen)
- Polymorfe eiwit systemen
Uiteindelijk slechts 10 polymorfe eiwitmarkers
Nadelen:
- Onderscheidend vermogen 1 op 1000
- Biologische ‘’sporen’’ onbruikbaar
- Sperma: slechts 2 polymorfe eiwitmarkers (ABO en PGM)
Tegenwoordig → DNA
Genetische verschillen tussen mensen
- VNTRs (Variable number of Tandem Repeats)
- STRs (short tandem repeats)
- RFLPs (restriction fragment length polymorfismes)
- SNPs (single nucleotide polymorifismes)
Locus = een gen of regio in het DNA
,Allel = versie van een locus (mensen zijn diploïd, dus elke locus heeft 2 allelen)
RFLP (oud)
- (Oude) techniek om verschillen in DNA aan te tonen
- SNP’s zijn verantwoordelijk voor het introduceren of verwijderen van een restriction
site
- Door meerdere restriction sites te ‘’mappen’’ kan een DNA profiel gemaakt worden
- Gebaseerd op Southern blot
Repititief DNA
Niet coderend DNA bevat veel (40%) repetitief DNA
Minisatelliet DNA: (repeats 10-60 bp)
- VNTR’s (Variable number of tandem repeats)
- Detecteren met rescrictie enzymen en Southern blot (oud)
Microsatelliet DNA: (repeats 2-10 bp)
- STR’s (short tandem repeats)
- Op verschillende plekken in het genoom
- Gevoelig voor mutaties in aantal repeats
- Zeer geschikt voor identity assesment
- Detecteren met PCR
Voorbeeld: vaderschapstest met RFLP profiel
Father Mother
Locus Locus
1 2 1 2
Parents
Locus
1 2
Child
STR
Een betere en gevoelige methode is gebruik te maken van PCR (VNTR’s zijn daar te lang
voor)
- STR zijn kort (1-7 bp) en geschikt voor PCR (100-400 bp)
- STR’s zijn geflankeerd door unieke geconserveerde DNA sequenties, deze kunnen
gebruikt worden om unieke primers te ontwerpen
Voordelen:
- Minder DNA nodig doordat je PCR kunt toepassen
- Minimaal 10 ng ipv 100 ng DNA
- Kleinere stukken (dus gegarandeerd DNA) is geen probleem
- Veel sneller: 24-48 uur ipv 5-7 dagen
- Multiplex
, STR:
Allel ladders voor standaardisatie:
STR door capillair elektroforese:
Welke STR?
Er zijn primers voor tientallen STR’s commercieel verkrijgbaar
De naam zegt iets over de locus, of de plek op een chromosoom
- CD4: locus tussen CD4 en tirosephosphate isomerase
- D13S317: chromosoom 13, segment 317
Een extra locus (geen STR) wordt altijd meegenomen:
- Amelogenine locus: dit gen codeert voor tandmaturatie en is geloceerd op het X en Y
chromosoom. Het Y allel is 6 bp langer dan X allel. Dit resulteert in 2 pieken voor een
man en 1 voor een vrouw
CODIS: Combined DNA Indexing System
- 13 STR loci voor bepalen van DNA profiel
- In totaal zijn 22 loci (CODIS en Europese systemen) gecertificeerd
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper 01sanne. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €5,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 52510 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen