100% tevredenheidsgarantie Direct beschikbaar na je betaling Lees online óf als PDF Geen vaste maandelijkse kosten
logo-home
Eerder door jou gezocht
Eerder door jou gezocht
logo
Samenvatting HCO fylogenetische interferentie €2,99
In winkelwagen
Snel navigeren naar
Voorbeeld
  2.  
  3. Universiteit Utrecht (UU)
  4.  
  5. Systeembiologie

Samenvatting

Samenvatting HCO fylogenetische interferentie

5 beoordelingen
 0 keer verkocht

Dit is een uitgebreide samenvatting van hoofdstuk 9 uit de reader: phylogenetic interference. Onderwerpen die hierin aan bod komen zijn: fylogenetische interferentie, fylogenetische resolutie, distance-based, model-based, boom bouwen, UPGMA, multifurcating branch, root, ultrametric, evolutie, NJ, n...

[Meer zien]
Laatste update van het document: 7 jaar geleden

Voorbeeld 1 van de 9  pagina's

Document informatie

  • 3 maart 2018
  • 4 maart 2018
  • 9
  • 2017/2018
  • Samenvatting

Onderwerpen

Geschreven voor

Alle documenten voor dit vak (27)

5  beoordelingen

review-writer-avatar

Door: tomlous • 5 jaar geleden

review-writer-avatar

Door: carmenolsthoorn • 5 jaar geleden

review-writer-avatar

Door: et98 • 6 jaar geleden

review-writer-avatar

Door: thibaudtegroen • 7 jaar geleden

review-writer-avatar

Door: sanneejanssen • 6 jaar geleden

Verkoper

avatar-seller
brittheijmans

Ontvangen beoordelingen

Voorbeeld van de inhoud

Fylogenetische interferentie
Phylogenetic inference, of wel fylogenetische interferentie, is het afleiden van een fylogenie. Er
bestaan algoritmes om van een multiple sequence alignment naar een fylogenetische boom te gaan.
Fylogenetische kenmerken, als je een boom wil maken,
Fenotype Sequentie
moet je eerste bepalen op grond van welke eigenschappen
Oneindig aantal Een gen of genoom heeft
je dat wil doen. Hiervoor kan je naar fenotypische
kenmerken een vast aantal kenmerken
kenmerken kijken als het aantal poten, de kleur etc. Deze
fylogenetische signalen zijn echter niet altijd even duidelijk, Keuze is subjectief Keuze is objectief
zo kan de een een schaap als zwart beschouwen, terwijl Waarde kan van de Een sequentie is absoluut
iemand anders hem bruin vindt. Sequenties zijn eigenlijk observatie afhangen
veel betere eigenschappen om naar te kijken wat betreft fylogenie. Zo zijn sequenties eindig, is de
keuze vrij objectief en is de waarde absoluut (denk hierbij bijvoorbeeld aan substitutiescore).
Sequenties zijn dus objectiever en absoluter dan fenotypische karakters.
Fylogenetische resolutie, als je een boom gaat maken op basis van sequenties kan je zelf bepalen
welke genen je gebruikt (beetje objectief). Hiervoor kan je twee soorten resolutie gebruiken:
- Lage resolutie, lage fylogenetische resolutie sequenties, zoals eiwit
sequenties van goed geconserveerde eiwitten, zijn te gebruiken om
een fylogenetische boom te maken van organismen die een grote
evolutionaire afstand tot elkaar hebben. Goed geconserveerde eiwit sequenties bevatten te
weinig variatie om nauwe verwantschappen te achterhalen.
- Hoge resolutie, snel evoluerende sequenties, zoals micro-satellites,
verschillen tussen nauw verwante organismen en kunnen dus
gebruikt worden om een fylogenetische boom te maken met hoge
resolutie (korte evolutionaire afstand). Hoog variabele DNA sequenties bevatten te veel
fylogenetische ‘noise’ om verre relaties te achterhalen.
Fylogenetische boom bouwen, er zijn twee manier om vanuit een alignment een boom op te stellen:
- Distance-based, hiervoor maak je een distance matrix van je multiple sequence alignment.
Hierin staan dus de afstanden tussen de verschillende sequenties weergegeven. Twee
algoritmes die dit gebruiken zijn UPGMA en NJ.
- Model-based, is afhankelijk van het model van evolutie dat je gebruikt. Denk hierbij aan de
waarschijnlijkheid om bepaalde substituties aan te treffen (substitutie matrix), regels voor
gap penalties, meer of minder variërende posities in een alignment etc. Hier ga je dus vanuit
een multiple sequence alignment direct naar een boom toe zonder eerst een distance matrix
te maken. Algoritmes die dit toepassen zijn MJ en MP.
Distance-based boom, in de afbeelding zijn de grove lijnen van
het werken met een distance-based algoritme aangegeven.
Vanuit de alignment maak je een evolutionaire distance matrix
die gecorrigeerd wordt door de Jukes-Cantor correctie. Soms zijn
de geobserveerde verschillen tussen twee sequenties namelijk
lager dan het aantal mutaties dat heeft plaatsgevonden, omdat
er verschillende mutaties op dezelfde plek kunnen gebeuren.
Vanuit de distance matrix die hierdoor ontstaan is, kan je dan
een fylogenetische boom maken met UPGMA of NJ.

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, creditcard of je Stuvia-tegoed en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Direct to-the-point

Direct to-the-point

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.

Van wie koop ik deze samenvatting?

Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper brittheijmans. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.

Zit ik meteen vast aan een abonnement?

Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €2,99. Je zit daarna nergens aan vast.

Is Stuvia te vertrouwen?

4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)

Afgelopen 30 dagen zijn er 66184 samenvattingen verkocht

Opgericht in 2010, al 15 jaar dé plek om samenvattingen te kopen

Begin nu gratis
€2,99
  • (5)
In winkelwagen
Toegevoegd