Systeembiologie

Dit is een uitwerking van de DWO opgaven over kansberekening die deel uitmaken van systeembiologie. Hierin wordt per opgave uitgelegd waarom het bijbehorende antwoord klopt.

Dit is een samenvatting van het onderwerp permutatie statistieken. De volgende begrippen komen aan bod: statistiek, data permutatie, score, P-waarde, E-waarde etc.

Dit is een uitgebreide samenvatting van hoofdstuk 9 uit de reader: phylogenetic interference. Onderwerpen die hierin aan bod komen zijn: fylogenetische interferentie, fylogenetische resolutie, distance-based, model-based, boom bouwen, UPGMA, multifurcating branch, root, ultrametric, evolutie, NJ, neighbor joining, MP, maximum parsimony, informative position, MJ, maximum likelihood, heuristieken, rooting, outgroup, midpoint rooting, alignment, trimming alignmnent, branch support, bootstrapping et...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 8 uit de reader. In het geel staan dingen gemarkeerd die nog niet helemaal duidelijk zijn. Daar verwacht na het hoorcollege van maandag meer duidelijkheid over te geven. Onderwerpen die hier naar voren komen, zijn: heuristieken, database, RAM, k-mer, transcriptomics, metagenomics, index search, natural sequence diverge, BLAST, HSP, BLAST input, BLAST output, alignment output, tabular output, bitscore, blastn, megablast, disco...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 7 uit de reader: algoritmes voor sequentie alignments. Onderwerpen die naar voren komen, zijn: algoritme, alignment, local alignment, global alignment, identity, alignment matrix, gap penalty, model van evolutie, gap open penalty, gap extension penalty, linear gap penalty, fixed gap penalty, affine gap penalty, dynamic programming, Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, optimale alignment, BABA, progressive multiple sequence align...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 6 uit de reader: kwantificeren van sequentie similarity. Er zijn twee gedeeltes geel gemarkeerd, omdat ik daar maandag bij het hoorcollege nog vragen over heb. Onderwerpen die aan bod komen, zijn: similarity, fylogenetische boom, homoloog, identity, alignment, evolutionaire afstand, substitutie matrix, identity matrix, transitie, transversie, BLOSUM matrix, BLOSUM nummers, alignment score, PAM matrix, Gonnet matrix etc.

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 5 uit de reader: conservatie. Onderwerpen die hierin vermeld staan, zijn: evolutie, mutatie, conservering, substitutie, insertie, deletie, indel, inversie, duplicatie, HGT, conjugatie, transformatie, transductie, low complexity region, microstaellite, short tandem repeat, STR, similarity, analoog, homoloog, orthology conjecture, ortholoog, paraloog, mate van conservatie, wobble base, synonieme mutatie, nonsense, missense, eiw...

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 4 uit de reader: fylogenetische bomen. Onderwerpen die hier aan bod komen, zijn: fylogenie, fylogenetische bomen, tips, nodes, root, moleculaire klok, evolutionaire afstand, topologie, branch support, parsimonie, ortholoog, paraloog, homoloog, evolutie, rule of thumb, HGT, conservatie, gene loss, tree of life etc.