College aantekeningen

Aantekeningen hoorcollege 1: Introduction + homology searching . Introduction to Bioinformatics

0 keer verkocht

Instelling
Vrije Universiteit Amsterdam (VU)

De aantekeningen van hoorcollege 1 over Introduction + homology searching van het vak introduction to bioinformatics. Het document bevat duidelijke afbeeldingen. Verder is het overzichtelijk en duidelijk gemarkeerd.

[Meer zien]

Voorbeeld 2 van de 7 pagina's

Bekijk voorbeeld

Geupload op 14 februari 2024
Aantal pagina's 7
Geschreven in 2023/2024
Type College aantekeningen
Docent(en) Evert bosdriesz
Bevat Hoorcollege 1

bioinformatics
introduction
homology searching
human genome
omics data
biomarkers
personalized medicine
kaplan meier curve
uniprot
homologs
phylogenetic tree
sequence alignment
dna alignment scoring
s

Volgen

dboone264 Lid sinds 1 jaar 9 documenten verkocht

€4,48

In winkelwagen

Opslaan

100% tevredenheidsgarantie
Direct beschikbaar na je betaling
Lees online óf als PDF
Geen vaste maandelijkse kosten

Introduction to bioinformatics
Hoorcollege 1 – 8 januari 2024
Introduction + homology searching
Human genome:
- 23 pairs of chromosomes (DNA)
o DNA codes for genes
- 20,000 genes on DNA and 20,000 proteins
o 1.5% of DNA is protein/gene coding
- 3 billion base pairs
- 37 trillion cells
Measure cells  measure a lot of things

What is bioinformatics used for?
- DNA sequencing
We can sequence the whole human DNA
We get lots of data
Identify pinpoint mutations / changes
Bioinformatics is used ‘to find the needle in the haystack’ = naald in hooiberg
 But what does the needle do is more important
- What does the mutation mean
- What is the effect of the mutation? Is it related to the disease?

DNA sequencing analysis
Images  translated to letters  reads (short DNA sequences)  aligned reads 
mutations
Each step contains bioinformatics

Bioinformatics develop methods, create workflows, and analyze large datasets to answer
biological questions
- For example, develop new algorithm to align proteins
- Typically, many computational methods need to be combined in a workflow to
process all data

“Omics” analysis in biomedicine
= Data science in the field of molecular biology
Omics data = extensive molecular profiling data of biological sample

, Do this for all / many proteins in the cell
- Measure (levels of) molecules/variant in cells
- Huge number of measurements per sample (>1000)
o Important
- For example
o All bases of the DNA
o mRNA abundances of all genes
o abundances of many/all proteins

What can we measure, and how?
Some examples, are much more
Genomics (DNA)
- point mutations (1 letter) / small variants
- structural variant (bigger changes – cancer)
- methylation
- DNAseq
- chemical marks … eppi/???
Transcription (mRNA)
- single cell RNAseq
- micro arrays (becoming obsolete)
proteomics (proteins)
- measure proteins
- immunohistochemistry
o empty body’s
- mass spectrometry (MS)
o high throughput

metabolomics (metabolites / small molecules)
- NMR / mass spectrometry

Can now measure individual cells ?
Personalized medicine = which patient should (not) get drug based on (molecular) profiling
of patient

Biomarkers are indicators of some biological state or condition
Omics data is often used to find biomarkers
Examples of biomarkers:
- A metabolite or protein present in blood/urine/stool
- Mutation found in blood or a tumor sample
- Overexpression of specific gene or set of genes in diseased tissue (from RNAseq)

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, creditcard of je Stuvia-tegoed en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Direct to-the-point

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.