Evolutionaire boom - Samenvattingen, Aantekeningen en Examens

In dit hoofdstuk gaat het over fylogenetische bomen. Oftewel: evolutionaire stambomen. Hierbij wordt er uitgelegd hoe zulke stambomen gesorteerd worden en waar rekening mee gehouden moet worden.

Dit is een uitgebreide samenvatting van het hoorcollege over hoofdstuk 6 uit de reader: kwantificeren van sequentie similarity. Er zijn twee gedeeltes geel gemarkeerd, omdat ik daar maandag bij het hoorcollege nog vragen over heb. Onderwerpen die aan bod komen, zijn: similarity, fylogenetische boom, homoloog, identity, alignment, evolutionaire afstand, substitutie matrix, identity matrix, transitie, transversie, BLOSUM matrix, BLOSUM nummers, alignment score, PAM matrix, Gonnet matrix etc.