Samenvatting van de functie van alle enzymen relevant voor het vak inorganic biochemistry. Deze informatie is niet alleen belangrijk voor dit vak, kennis van deze enzymen kan namelijk ook heel handig zijn voor latere (keuze) vakken in het curriculum.
Enzymes in inorganic
biochemistry
Calmodulin
A lot of the Calcium in biology à hydroxyapatite: bone, tooth.
Ca2+ mainly outside cell ß Ca2+-ATPase (Na+/Ca2+ exchange)
Ca2+ high in ER/SR, Golgi apparatus and mitochondria ß SERCA
(sarco(endo)plasmic reticulum ATP-ase)
Ca2+ intracellular second messenger à binding to calmodulin
large flexible (irregular) coordination sphere
coordination to seven oxygen atoms: 5 from the amino acid side
chains (including a bidentate carboxylate), one from the peptide
backbone, and one of H2O
fast exchange rates
short lived strong signal à Ca2+ binding to calmodulin à EF-hand
conformation to activate kinases + activation of nitric oxide synthases
nitric oxide: cellular messenger for widening of blood vessels
NADPH H + Arg + O2 à citrulline + H2O + NO
Jack bean urease
Catalyses:
Used by plants for urea recycling à ammonia for growth, obtained from animal urea (part of nitrogen
cycle)
Reaction speed up 3 x 1015
Two Ni ions in active site
Lewis acid à acid base catalysis
Polarize C=O bond to make C more susceptible to nucleophilic attack by OH
Stabilizing formed C-O-
Electron withdrawal from H2O à makes it more like hydronium ion à water
more easily dehydrated à stronger base à faster reaction
NH2 proton donation (more like NH3/NH4) à better leaving group
Brings reactants closer together
,Rubisco
Mg2+ enzyme à must important enzyme in nature
Mg2+
smallest of all bulk biological elements
Octahedral coordination geometry
Coordinates to H2O
Coordinated to ATP, DNA, RNA à counter ion for
charge stabilization
Lewis acid in enzymes: stabilizes (formed) enols
and enolates ß electron withdrawal
Less polarizing (electron withdrawing) than Zn 2+
Catalyses part of the carbon cycle
Fixation of CO2 in Calvin cycle (photosynthesis dark reaction)
Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase
Carbonic anhydrase
Zn2+ enzyme
Zn borderline
High in Irving Williams
Structural role: Zn fingers, biomineralization
Catalytic role: acid base catalysis à lewis acid
Neutral ligand coordination to Zn2+ promotes dissociation of one H from
coordinated water
Zn carbonyl mechanism (increasing susceptibility for nucleophilic attack
by enol stabilization/carbonyl polarization)
Zn hydroxide mechanism (activation water to OH as nucleophile)
Present in blood circulation system
à avoids formation of gas bubbles
Facilitates reversable dissolution of CO2 as HCO3-
Catalyses reversibly:
CO2 + H2O à HCO3- + H+
In lungs: diffusion of CO2 to the air + lower pH à reaction balance shifts to left side
In tissues à respiration à CO2 formation à reaction balance shifts to the right side
, Supplies CO2 to photosynthetic organisms to compensate for poor rubisco efficiency
Alpha CA: animals, Beta CA: plants, Gamma CA: bacteria à unrelated but Zn
Cd variant in marine phytoplankton
via
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper lisaverhoeven80. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €8,29. Je zit daarna nergens aan vast.
