Samenvatting

Summary inorganic biochemistry per enzyme (NWI-MOL105)

0 keer verkocht

Instelling
Radboud Universiteit Nijmegen (RU)

Samenvatting van de functie van alle enzymen relevant voor het vak inorganic biochemistry. Deze informatie is niet alleen belangrijk voor dit vak, kennis van deze enzymen kan namelijk ook heel handig zijn voor latere (keuze) vakken in het curriculum.

[Meer zien]

Voorbeeld 3 van de 26 pagina's

Bekijk voorbeeld

Geupload op 2 mei 2022
Aantal pagina's 26
Geschreven in 2020/2021
Type Samenvatting

Volgen

lisaverhoeven80 Lid sinds 2 jaar 22 documenten verkocht

€8,29

In winkelwagen

Opslaan

100% tevredenheidsgarantie
Direct beschikbaar na je betaling
Lees online óf als PDF
Geen vaste maandelijkse kosten

Enzymes in inorganic
biochemistry
Calmodulin
A lot of the Calcium in biology à hydroxyapatite: bone, tooth.
Ca2+ mainly outside cell ß Ca2+-ATPase (Na+/Ca2+ exchange)
Ca2+ high in ER/SR, Golgi apparatus and mitochondria ß SERCA
(sarco(endo)plasmic reticulum ATP-ase)
Ca2+ intracellular second messenger à binding to calmodulin
 large flexible (irregular) coordination sphere
 coordination to seven oxygen atoms: 5 from the amino acid side
chains (including a bidentate carboxylate), one from the peptide
backbone, and one of H2O
 fast exchange rates
 short lived strong signal à Ca2+ binding to calmodulin à EF-hand
conformation to activate kinases + activation of nitric oxide synthases
 nitric oxide: cellular messenger for widening of blood vessels
NADPH H + Arg + O2 à citrulline + H2O + NO

Jack bean urease
Catalyses:

Used by plants for urea recycling à ammonia for growth, obtained from animal urea (part of nitrogen
cycle)
Reaction speed up 3 x 1015
Two Ni ions in active site
 Lewis acid à acid base catalysis
 Polarize C=O bond to make C more susceptible to nucleophilic attack by OH
 Stabilizing formed C-O-
 Electron withdrawal from H2O à makes it more like hydronium ion à water
more easily dehydrated à stronger base à faster reaction
 NH2 proton donation (more like NH3/NH4) à better leaving group
 Brings reactants closer together

,Rubisco
Mg2+ enzyme à must important enzyme in nature
Mg2+
 smallest of all bulk biological elements
 Octahedral coordination geometry
 Coordinates to H2O
 Coordinated to ATP, DNA, RNA à counter ion for
charge stabilization
 Lewis acid in enzymes: stabilizes (formed) enols
and enolates ß electron withdrawal
 Less polarizing (electron withdrawing) than Zn 2+
Catalyses part of the carbon cycle
 Fixation of CO2 in Calvin cycle (photosynthesis dark reaction)
 Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase

Oxygen + ribulose-1,5-bisphosphate  phosphoglycerate + 2-phosphoglycol

Carbonic anhydrase
Zn2+ enzyme
 Zn borderline
 High in Irving Williams
 Structural role: Zn fingers, biomineralization
 Catalytic role: acid base catalysis à lewis acid
 Neutral ligand coordination to Zn2+ promotes dissociation of one H from
coordinated water
 Zn carbonyl mechanism (increasing susceptibility for nucleophilic attack
by enol stabilization/carbonyl polarization)
 Zn hydroxide mechanism (activation water to OH as nucleophile)
Present in blood circulation system
à avoids formation of gas bubbles
 Facilitates reversable dissolution of CO2 as HCO3-

Catalyses reversibly:
CO2 + H2O à HCO3- + H+
 In lungs: diffusion of CO2 to the air + lower pH à reaction balance shifts to left side
 In tissues à respiration à CO2 formation à reaction balance shifts to the right side

, Supplies CO2 to photosynthetic organisms to compensate for poor rubisco efficiency
Alpha CA: animals, Beta CA: plants, Gamma CA: bacteria à unrelated but Zn
Cd variant in marine phytoplankton

via

Dit zijn jouw voordelen als je samenvattingen koopt bij Stuvia:

Bewezen kwaliteit door reviews

Studenten hebben al meer dan 850.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet jij zeker dat je de beste keuze maakt!

In een paar klikken geregeld

Geen gedoe — betaal gewoon eenmalig met iDeal, creditcard of je Stuvia-tegoed en je bent klaar. Geen abonnement nodig.

Direct to-the-point

Studenten maken samenvattingen voor studenten. Dat betekent: actuele inhoud waar jij écht wat aan hebt. Geen overbodige details!

Veelgestelde vragen

Wat krijg ik als ik dit document koop?

Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.

Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?

Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.