Samenvatting
Samenvatting Molmic
Deze samenvatting is bedoeld voor studenten die de specialisatie microbiologie volgen.
[Meer zien]Voorbeeld 4 van de 45 pagina's
Voorbeeld 4 van de 45 pagina's
In winkelwagengesponsord bericht van onze partner
Verkoper
Volgen
Voorbeeld van de inhoud
Samenvatting moleculaire microbiologieLes 1 en 2
Klassieke technieken:
- Morfologie
- Bacterie kleuringen
- Groei op kweekmedia onder verschillende laboratorium condities
- Fenotypering op basis van biologische kenmerken (identificatie: bonte rij, Api)
- Nadeel van klassieke technieken is dat het veel tijd kost. Bacteriën moeten groeien
etc.
Moderne technieken:
- Rt PCR: amplificatie (qPCR is kwanitifactie)
- Sequencing
- Maldi-TOF
- Microscopie
- Andere testen zoals: hybridisatie (array), serologische testen (ELISA, agglutinatie
testen etc.)
Moleculaire technieken – mijlpalen:
- James Watson en Francis Crick (1953): Ontrafeling dubbele helix structuur (Nobelprijs
1962)
- Fred Sanger (1975): Ontwikkeling efficiënte sequence methodiek (Nobelprijs 1980)
- Kary Mullis (1983): Uitvinding Polymerase Chain Reaction (Nobelprijs 1994)
- Roche 1992: Eerste commerciële moleculaire tests
Je begint bij het samplen van virus/bacterie, zodat je DNA krijgt. Bij bacterieonderzoek wordt
gebruik gemaakt van 16s RNA. Het is een onderdeel van ribosoom. Je kan het goed
gebruiken voor identificatie van soorten.
PCR en Q-PCR:
o Gebruikt als identificatiemethode op een moleculair lab
- Soort-specifieke amplificatie van 16s rRNA gen
- Amplificatie van soort-specifieke genen (virulentie factoren)
- Amplificatie van familie-specifieke DNA fragmenten (‘’huishoudgenen’’)
- Amplificatie van resistentie-genen
- Amplificatie van het hele genoom
,DNA nucleotiden:
- Fosfaatgroep
- Suikergroep (deoxyribose)
- Stikstofbase (A,G,C, T)
- Purines: Adenine en Guanine
- Pyrimidines: Thymine en Cytosine
- 3 nucleotiden: een triplet of codon (coderen voor een specifiek aminozuur)
- Aminozuren zijn de bouwstenen van eiwitten
Chemische structuur DNA:
- Lange, dubbele helix met suiker (deoxyribose) en fosfaat buitenstructuur. Basen aan
de binnenzijde.
- Gestabiliseerd door waterstofbruggen tussen de basen.
- Strengen in tegenovergestelde richting en anti-parallel (reverse complement).
DNA:
- Een purine (A en G) bindt altijd met een pyrimidine (C en T) base (behoudt de
structuur).
- Adenine bindt aan thymine met twee waterstofbruggen.
- Guanine bindt aan cytosine met drie waterstofbruggen.
2
,Verschil DNA en RNA:
- DNA heeft deoxyribose, RNA heeft ribose
- DNA heeft 2 strengen, RNA heeft 1 streng
- DNA heeft thymine, RNA heeft uracil
Reverse transcriptase:
- Er ontstaat een DNA-RNA hybride
- Reverse transcriptase: an enzyme binds to oligo (nucleotidensequentie met een
beperkt aantal nucleotiden) dT primer and synthesis the cDNA (DNA dat door
reverse-transcriptase uit mRNA is verkregen; bevat geen introns of
signaalsequenties) by adding dNTPs.
- RNA hybrid formation: first – strand cDNA synthesis
Essentiële ingrediënten PCR-mix:
- Target DNA (gezuiverd)
- Alle 4 de dNTPs
o 20-200 micrometer van alle 4 de dNTPs
o Een te hoge concentratie kan synthesefouten veroorzaken
- PCR-buffer
o Tris-HCL buffer van pH=7,8 is optimaal
o Optioneel zijn Tween (stabilisteert Taq), BSA en eenwaardige ionen
- Taq-DNA polymerase (Thermus aquaticus)
o Essentieël: hittestabiel
o Snelle synthese
o Gevoelig voor allerlei remmende stoffen
o Géén 3’-5’ exonuclease activiteit, dus géén proofreading
- MgCl2, essentiële co-factor voor Taq en heeft stabiliserend effect
3
, - Primers
o Ongeveer tussen de 18-25 nucleotiden lang
o Primerpaar: vergelijkbaar hoog GC gehalte (40% tot 70%)
o Primerpaar: ongeveer dezelfde annealing temperatuur
o Géén baseparing mogelijk in de primer zelf of tussen twee primrs (primer-
dimeer)
o Amplicon (piece of DNA or RNA that is the source and/or product of
amplification or replication events) bij voorkeur 75-200 basenparen.
Hoogste efficiëntie
o Smelttemperatuur (Tm ) tussen circa 50 en 65 graden celcius
- Polymerase remmers
o Proteolytische enzymen (pronase, proteïnase K)
o Heparine, ijzerionen profyrine-skeletten (bloed)
o DMSO (hoge concentratie)
o Urinecomponenten en hoge zoutconcentraties
o SDS
o Ureum
Keuze gen:
Conservatief houdt in dat de sequenties erg op elkaar lijken.
Goede primers:
- voordeel rtPCR: geen
gel nodig.
- Voor PCR detectie
van specifieke
sequenties (lab
vereisten):
1. Specifieke
technische
handelingen,
reagentia en
personeel.
4
Voordelen van het kopen van samenvattingen bij Stuvia op een rij:
Verzekerd van kwaliteit door reviews
Stuvia-klanten hebben meer dan 700.000 samenvattingen beoordeeld. Zo weet je zeker dat je de beste documenten koopt!
Snel en makkelijk kopen
Je betaalt supersnel en eenmalig met iDeal, creditcard of Stuvia-tegoed voor de samenvatting. Zonder lidmaatschap.
Focus op de essentie
Samenvattingen worden geschreven voor en door anderen. Daarom zijn de samenvattingen altijd betrouwbaar en actueel. Zo kom je snel tot de kern!
Veelgestelde vragen
Wat krijg ik als ik dit document koop?
Je krijgt een PDF, die direct beschikbaar is na je aankoop. Het gekochte document is altijd, overal en oneindig toegankelijk via je profiel.
Tevredenheidsgarantie: hoe werkt dat?
Onze tevredenheidsgarantie zorgt ervoor dat je altijd een studiedocument vindt dat goed bij je past. Je vult een formulier in en onze klantenservice regelt de rest.
Van wie koop ik deze samenvatting?
Stuvia is een marktplaats, je koop dit document dus niet van ons, maar van verkoper manarlzz. Stuvia faciliteert de betaling aan de verkoper.
Zit ik meteen vast aan een abonnement?
Nee, je koopt alleen deze samenvatting voor €3,49. Je zit daarna nergens aan vast.
Is Stuvia te vertrouwen?
4,6 sterren op Google & Trustpilot (+1000 reviews)
Afgelopen 30 dagen zijn er 67474 samenvattingen verkocht
Opgericht in 2010, al 14 jaar dé plek om samenvattingen te kopen