Class notes
IA Practica Samenvatting Uitgebreid - DB1
- Course
- Institution
Met deze uitgebreide uitwerkingen van de practica van IA hoef je zelf geen uren meer te verliezen met het uitwerken van alle stof!
[Show more]
Seller
Follow
remconederlof
Reviews received
Content preview
Practicum 1 voorbereidingDe grootte van het virale genoom is beperkt. Sommige virussen maken het meeste gebruik hiervan
door genen in verschillende leesframes, of leesrichtingen te coderen. Genetische veranderingen in
virussen ontstaan hoofdzakelijk door mutatie, maar kunnen ook ontstaan door recombinaties,
interacties met een ander virus of de gastheercel.
RNA virussen doen niet aan proofreading en kunnen hierdoor maar een kleiner genoom handhaven
dan DNA virussen. Mutagenen verhogen de mutatiefrequentie. Niet-lethale mutaties kunnen snel
ophopen in het genoom van een RNA virus, waardoor quasisoorten ontstaan. Dit zijn verschillende
virussen die allemaal afgeleid zijn van eenzelfde ‘basisvirus’. Mutant virussen kunnen conditie-
lethaal zijn, waarbij ze enkel onder specifieke omstandigheden kunnen repliceren. Ook kunnen
mutanten ontstaan die aan antilichamen kunnen ontsnappen. Een derde soort mutant virus is
defective-interfering, die hulp nodig heeft (bijv. van het wild-type virus) om te repliceren.
Bij recombinatie ontstaat verandering van de genetische informatie door intramoleculaire
recombinatie, copy-choice recombinatie, herorganisatie, of genetische heractivatie.
Intramoleculaire recombinatie vindt plaats in DNA virussen, hierbij dissociëren en ontstaan nieuwe
covalente bindingen in het nucleïnezuur.
Copy-choice recombinatie tussen ssRNA virussen vindt plaats door een template switching
mechanisme. Tijdens de synthese wisselt RNA polymerase van template-strand.
Herorganisatie (=reassortment) vindt plaats in RNA virussen met gesegmenteerde genomen. Als
twee of meer zulke virussen dezelfde cel infecteren kunnen ze genoomsegmenten uitwisselen.
Bij genetische heractivatie vindt plaats als een geïnactiveerd virus in staat wordt zich te repliceren
nadat deze genetisch materiaal van een infectieus virus heeft overgenomen.
Recombinatie tussen viraal en gastheer genetisch materiaal vindt plaats. Verschillende retrovirussen
zijn potentieel oncogeen door cellulaire oncogenen in het gastheer genoom te plaatsen. Integratie
van het cellulaire DNA in het virale genetische materiaal leidt vaak tot een replicatie-defect virus.
In cellen met dubbele infecties kan complementatie plaatsvinden. Hierbij wordt één virus (het
sattelietvirus) geactiveerd door een co-virus.
Ook kan fenotype mixing plaatsvinden, hierbij worden structurele eiwitten uitgewisseld tussen twee
virussen in een cel. Bij fenotype mixing vindt dus geen verandering van het genetische materiaal
plaats.
Viruspropagatie in vitro moet woerden gedaan in een weefselcultuur. Inoculatie van kippenembryo’s
en experimentele dieren worden hiervoor gebruikt.
Technieken voor weefselcultuur, groei, en onderhoud kunnen in twee groepen worden verdeeld:
- Explant cultuur, hierbij wordt een stuk geïnfecteerd weefsel uit een dier geïsoleerd.
- Celcultuur, hierbij worden weefsels opgebroken in individuele cellen door mechanisme
machines of enzymen.
o Primair, direct afgeleid uit een weefsel en bevat verschillende celtypen.
o Semi-continu
o Continu, afgeleid van normaal of neoplastisch weefsel. Deze cellen hebben een
abnormaal aantal chromosomen en zijn minder gevoelig dan primaire of semi-
continue cellijnen voor virusisolatie. Virussen kunnen zich echter aanpassen om hier
goed in te groeien, wat vaccinproductie faciliteert.
,Virale groei in een celcultuur kan worden gedetecteerd middels lichtmicroscopie doordat
geïnfecteerde cellen beschadigd raken (=cytopathic effect (CPE)). In primaire isolatie produceren
sommige virussen geen cytopathisch effect. Het CPE is zichtbaar door veranderingen in celvorm,
celadhesie, celfusie, en aanwezigheid van inclusion bodies (aggregaten in de nucleus of het
cytoplasma). In geïnfecteerde cellen kunnen deze inclusion bodies ontstaan uit aggregaten van virale
eiwitten, nucleïnezuur, of gemodificeerd cellulair materiaal.
Voor non-cytopathische virussen zijn andere detectiemethoden nodig. Veel virussen met envelop
produceren virale membraan-glycoproteïnen in het plasmamembraan van geïnfecteerde cellen. Dit
kan leiden tot adsorptie van erythrocyten aan andere cellen (haemadsorptie).
Het specifieke virussoort kan ook gedetecteerd worden aan de hand van fluorescerende
antilichamen. Neutralisatie assays zijn een definitieve methode om meerdere virussen en serotypes
te identificeren.
Geëmbryoneerde eieren kunnen worden geïnfecteerd
om een virus te isoleren. Ook kunnen ze gebruikt
worden om levende vaccins te creëren. Ze kunnen
worden geïnoculeerd op verschillende plaatsen.
Het bepalen van de virusconcentratie kan belangrijk
zijn voor o.a. het produceren van vaccins, de efficiëntie
van vaccins te testen, de minimale dosis nodig om
ziekte te veroorzaken te meten, of virusneutralisatie te
meten. Met elektronenmicroscopie kan het totale aantal virionen geteld worden. Ook kan een
vatbare gastheer/weefselcultuur worden geïnfecteerd om de virusconcentratie te berekenen.
Een plaque assay is een veelgebruikte methode om virus infectiviteit te kwantificeren.
Virus Production of Outcome
Als een gastheercel een virus laat reproduceren is deze progeny virus
permissive. Als een virus effectief kan reproduceren in
Cytopathic Productive Necrosis
een cel is deze productief.
Non-productive Apoptosis
Cytopathische virussen doden de cellen die ze Non-cytopathic Productive Persistence
infecteren. Accumulatie van virale eiwitten of schade transformation
aangebracht door het virus kan uiteindelijk tot celdood Non-productive Latency
leiden. Virale infectie kan ook apoptose induceren, dit is transformation
vaak een verdedigingsmechanisme van de gastheercel.
Non-cytopathische cellen beïnvloeden de eiwitsynthese van de gastheercel niet. Deze virussen
produceren vaak persistente infecties met progressieve veranderingen die pas veel later tot celdood
kunnen leiden.
Retrovirussen integreren een DNA kopie van hun RNA genoom, het provirus, in het
gastheerchromosoom. Integratie van het provirus kan leiden tot veranderde genexpressie.
Retrovirussen kunnen oncogeen zijn doordat ze v-onc (viral oncogenes) genen dragen, of doordat ze
de c-onc (cellular oncogenes) genen verhoogd tot expressie brengen.
De oncogenen van DNA virussen coderen vaak voor virale eiwitten die tumorsuppressorgenen
inactiveren.
, Veel virussen moeten eerst een cel binden en infecteren. Vaak kunnen ze
dit pas nadat ze door de epidermis heen zijn, dit kan door een beet of
wond. Slijmvliezen vormen een minder sterke barrière, maar worden
ondersteund door het slijm die zowel fysieke bescherming biedt als
immunoglobulines bevat. Enterische virussen moeten in het GI-tractus de
lokale mucosale afweer ontlopen en aan enterocyten binden, of via M-
cellen binnendringen.
Arbovirussen zijn virussen die in de natuur worden behouden door
overdracht tussen een gewervelde gastheer en bloedzuigende arthropoda.
De virussen vermeerderen zich in deze vector (mug, mijt, teek, zandvlieg,
etc.) Huisdieren en mensen zijn vaak ‘dead-end’ gastheren omdat ze
onvoldoende viremie oplopen om het virus verder te verspreiden.
Na infectie vindt lokale cel-cel verspreiding van het virus plaats. ‘Budding’
vanaf de apicale zijde zorgt vaak voor lokale infectie in de darmen en
luchtwegen, en vanaf de basale zijde ontstaan vaan systemische infecties.
De selectieve infectieusheid en tropisme van een virus worden o.a. bepaald door de aanwezige
receptoren, de leeftijd/differentiatie van cellen, de delingsactiviteit van cellen, en een gebrek aan
permissive cellen.
In subepitheliale infecties spreidt het virus vaak naar het lymfestelsel in de vorm van vrije virionen of
door een geïnfecteerde fagocyt. Hierdoor komen ze uiteindelijk in het bloed terecht, wat leidt tot
primaire viremie. Vanuit het bloed verspreidt het virus zich naar andere doelwitweefsels. Het
afweersysteem treedt vaak snel op tegen viremie.
Neurotrope virussen kunnen perifere zenuwen infecteren en hierdoor richting het CZS bewegen.
Cytopathische cellen zorgen vaak voor klinische verschijnselen gerelateerd aan het celtype wat ze
doden. Snel-regenererende weefsels kunnen ernstiger beschadigd raken zonder klinische
verschijnselen te veroorzaken dan vitale en/of slecht-regenererende weefsels, zoals zenuwweefsel.
Virale infecties van het GI-tractus en de luchtwegen wordt vaak verder gecompliceerd door
secundaire opportunistische infecties van bacteriën.
Virussen kunnen persistent zijn doordat ze een aantal strategieën gebruiken:
- Latente infectie in niet-delende cellen veroorzaken.
- Weefsels op ‘immune priveleged sites’ infecteren zodat het afweersysteem de geïnfecteerde
cellen niet bereikt.
- Naastgelegen cellen laten fuseren zodat het virus niet door de ECM hoeft om andere cellen
te infecteren.
- Antigene variatie.
- Anti-virale cytokines beïnvloeden.
Werkcollege
Opdracht 1:
a. Geef een beknopte definitie/korte omschrijving van een virus:
- zijn obligaat intracellulaire parasieten,
- zijn kleine infectieuze agentia met een non-cellulaire organisatie ( →is dus geen micro-
organisme),
- reproduceren enkel in levende cellen,
- bevatten een nucleïnezuur (DNA/RNA), en worden beschermd door een eiwitmantel,
- worden overgedragen als virion
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through EFT, credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying this summary from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller remconederlof. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy this summary for R106,76. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
78998 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy summaries for 14 years now