Summary

Samenvatting Overzicht stof R en RStudio Onderzoeksmethoden en Bio-informatica

0 purchase

Course
Onderzoeksmethoden (BMW21010)

Institution
Universiteit Utrecht (UU)

Overzicht van alle statistiek en R-Studio stof die van toepassing is bij Onderzoeksmethoden en Bio-informatica. Inclusief uitwerkingen van alle werkcolleges en practica met codes en alles erop en eraan.

[Show more]

Preview 4 out of 45 pages

View example

Uploaded on November 1, 2023
Number of pages 45
Written in 2021/2022
Type Summary

bio informatica
biomedische wetenschappen
overzicht
onderzoeksmethoden
r studio
statistiek
bmw
r

Institution
Universiteit Utrecht (UU)
Education
Biomedische Wetenschappen
Course
Onderzoeksmethoden (BMW21010)

mark-burggraaf

Member since 1 year 12 documents sold

R247,26

Add to cart

Add to wishlist

100% satisfaction guarantee
Immediately available after payment
Both online and in PDF
No strings attached

Aantekeningen Statistiek, R en RStudio
Inhoud
COO1 – Intro R........................................................................................................................................2
Generaties programmeertalen:..........................................................................................................2
Eenvoudige berekeningen..................................................................................................................3
Datatypes:..........................................................................................................................................3
Logische operatoren:..........................................................................................................................3
Datastructuren:..................................................................................................................................3
COO2 – Intro R importeren, selecteren, sorteren en missende gegevens..............................................4
Data importeren.................................................................................................................................4
Selecteren van data............................................................................................................................5
Sorteren en ordenen van de data.......................................................................................................6
Missende waarden.............................................................................................................................6
COO 3 – plotting.....................................................................................................................................7
Packages.............................................................................................................................................7
Basics van het plotten.........................................................................................................................7
Plots opslaan......................................................................................................................................8
Plots customizen.................................................................................................................................8
COO 4 – beschrijvende statistiek in R.....................................................................................................9
Beschrijvende statistiek voor een continue uitkomst, stap voor stap................................................9
Het beschrijven van meer dan 1 groep...............................................................................................9
Transformaties...................................................................................................................................9
MTE......................................................................................................................................................10
PR R Thema 1........................................................................................................................................11
Volledige zelfstudie..........................................................................................................................11
Steekproefvariatie en de centrale limietstelling...........................................................................11
Het verband tussen schatten en toetsen......................................................................................13
Schatten in de praktijk: een uitstapje naar een betrouwbaarheidsinterval voor het verschil in
twee steekproefgemiddelden.......................................................................................................13
Vragen en antwoorden zelfstudie....................................................................................................14
Werkcollege......................................................................................................................................14
Beschrijvende statistiek................................................................................................................14
Betrouwbaarheidsinterval voor een gemiddelde.........................................................................15
Betrouwbaarheidsinterval voor het verschil tussen twee gemiddelden.......................................16
OD data inlezen en analyseren.....................................................................................................17

1

,PR R Thema 2........................................................................................................................................19
Volledige zelfstudie..........................................................................................................................19
Betrouwbaarheidsinterval............................................................................................................19
Werkplan voor betrouwbaarheidsinterval....................................................................................21
Betrouwbaarheidsinterval, niet gebaseerd op een z-verdeling....................................................22
Lineaire regressie en correlatie, opfrissen....................................................................................25
Lineaire regressie: interferentie (betrouwbaarheids- en predictieinterval).................................27
Ijklijnen.........................................................................................................................................27
Vragen en antwoorden Zelfstudie....................................................................................................27
Werkcollege......................................................................................................................................28
Lineaire regressie..........................................................................................................................28
Stap 1: data uit .csv lezen.........................................................................................................28
Stap 2: spreidingsdiagram maken van de data.........................................................................28
Stap 3: Regressielijn schatten en toevoegen aan plot...............................................................28
Stap 4 voorspellingen met predictieintervallen........................................................................29
PR R Thema 3........................................................................................................................................30
Volledige zelftstudie.........................................................................................................................30
Inferentiële statistiek: toetstheorie aan de hand van een z-toets................................................30
Intermezzo – Hypotheses.........................................................................................................31
Intermezzo – Onbetrouwbaarheid en power...........................................................................32
Intermezzo – Onbetrouwbaarheid en power – vervolg............................................................32
Intermezzo – Onbetrouwbaarheid en power – vervolg............................................................33
Intermezzo – p-waarde en eenzijdig of tweezijdig toetsen......................................................34
Intermezzo – p-waarde en eenzijdig of tweezijdig toetsen – vervolg.......................................35
Toetsen in de praktijk: t-toets voor één steekproefgemiddelde...................................................36
Intermezzo – Model..................................................................................................................36
Toetsen in de praktijk: een uitstapje naar de chi-kwadraat toets.................................................38
Intermezzo – Chi-kwadraat toets..............................................................................................39
Intermezzo – R script................................................................................................................40
Werkcollege......................................................................................................................................41

COO1 – Intro R
Generaties programmeertalen:
1. Machine code 1111111111000000
2. Assembly jmp eax
3. Prodecure talen C++, Java, Python

2

, 4. Hogere abstractie SQL, R

Eenvoudige berekeningen
> -  aftrekken
> /  delen
> :  gesloten intervaln
> *  vermenigvuldiging
> ^ machtsverheffing

Objecten: een
> A <- 10 + 5 # je geeft a nu de waarde 5, kies naam slim
> 5

Datatypes:
> Logical (TRUE, FALSE)
> Numeric (0,1,2,3,0.3,-9,1.2e3
> Character (“tekst”)

Logische operatoren:
> <  kleiner dan
> >  groter dan
> <= kleiner of gelijk
> >=  groter of gelijk
> ==  gelijk aan
> !=  ongelijk aan
> &  en
> |  of

Datastructuren:
Vector: lijst van elementen van hetzelfde datatype

> Maken d.m.v. combine functie  c(…)
> A <- c(1, 2, 3)
> Maken d.m.v. sequence functie  seq(…)
> A <- seq(1, 3, by=.5)
o Sequence van 1 tot en met 3, met stapjes van .5
o Gebruik je geen “by” dan gebruikt r automatisch 1
> Maken d.m.v. repetition functie  rep(…)
> A <- rep(1,4)
o Vector met 1 wat 4 keer herhaald gaat worden
> A <- rep(1:3, 2)
o Gesloten interval operator : zorgt voor interval van 1 tot 3, wat 2 keer herhaald
wordt
> Maken d.m.v. normaalverdeling en uniform verdeling
> A <- nrnorm(5)
o Geeft 5 waarden uit een normaalverdeling

Matrix: tweediemensionale vector, met rijen en kolommen

> A <- matrix(1:6, nr=2, nc=3)

3

, > Geeft matrix met getallen 1 tot en met 6 met 2 rijen en 3 kolommen

.
> Je kan ook vectoren creëren en deze in een matrix zetten m.b.v. rbind() en cbind()

Lijst: hierbij kun je, in tegenstelling tot matrix en vector, verschillende datatypen door elkaar opslaan

> A <- list(“how”, “are”, “you”, “?”)

Dataframe: soort tabel waar verschillende soorten datatypen opgeslagen kunnen worden

Factor: datstructuur voor categorische date en levels zijn de mogelijke categoriënn

Hier heb je zelf de levels ingegeven!

COO2 – Intro R importeren, selecteren, sorteren en
missende gegevens
Data importeren
Datasets importeren doe je met de read.csv() of read.table() functie. Tussen de haakjes zet je de
locatie op de computer waar je je bestanden vandaan haalt.

> Read.csv() is een variant van de algemenere read.table(). Csv indiceert dat alle waarden door
een komma gescheiden zijn.

4

The benefits of buying summaries with Stuvia:

Guaranteed quality through customer reviews

Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.

Quick and easy check-out

You can quickly pay through EFT, credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.

Focus on what matters

Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!

Frequently asked questions

What do I get when I buy this document?

You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.

Satisfaction guarantee: how does it work?

Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.

Who am I buying this summary from?

Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller mark-burggraaf. Stuvia facilitates payment to the seller.

Will I be stuck with a subscription?

No, you only buy this summary for R247,26. You're not tied to anything after your purchase.

Can Stuvia be trusted?

4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)

69411 documents were sold in the last 30 days

Founded in 2010, the go-to place to buy summaries for 15 years now

Start selling

Summary

Samenvatting Overzicht stof R en RStudio Onderzoeksmethoden en Bio-informatica

Document information

Subjects

Written for

Seller

Reviews received

Content preview