Summary
Samenvatting Hoorcollege aantekeningen microbiologie
- Course
- Institution
- Book
Alle hoorcollege aantekeningen voor het vak microbiologie.
[Show more]
Connected book
Book Title:
Author(s):
- Edition:
- ISBN:
- Edition:
More summaries for
-
Microbiology 214: Control of microorganisms & Antimicrobial chemotherapy
-
Micro 3050; Unit 4 - Prescott's biology summary
-
Unit 1 study guide - summary Prescott Biology
Seller
Follow
joyceburger71
Reviews received
Content preview
HC 1 01/04/2019: IntroductiecollegeBoek is leidend + dingen in college die niet in het boek worden behandeld
Microbiologie gaat over micro-organismen. Ze verschillen in: het aantal cellen en of ze
überhaupt cellen bevatten.
Cellulaire organismen zijn onder te verdelen in:
- Prokaryoten > geen membraan omgeven organellen en geen kern en ze zijn kleiner
- Eukaryoten > wel membraan omgeven organellen en de kern is aanwezig met daarin
DNA en de cellen zijn groter en meer complex
Eencellige organismen ontstonden als eerste uit cellen. In eukaryoten zien we een proces
van DNA naar RNA naar eiwit, terwijl virussen soms RNA naar DNA vertalen/virusreplicatie
die niet plaatsvindt zoals eerder genoemde methode. RNA wordt vaak als genetische drager
gezien, maar RNA kan meer verschillende functies hebben. De eerste moleculen zouden
liposomen zijn die RNA bevatten. Deze RNA moleculen konden zelf fungeren als eiwitten >
ribozymes. Ze kunnen peptide bindingen aangaan en zorgen voor cellulair werk en
replicatie. Dit is het idee van het ontstaan van de eerste moleculen.
Micro-organismen verschillen op het gebied van het overdragen van genetisch materiaal.
Evolutie via het voortplanten via seks gaat heel langzaam, terwijl voortplanting micro-
organismen zich voortplanten via horizontal gene transfer. Ze kunnen genetisch materiaal
opnemen van dood materiaal > nieuwe varianten > evolutie gaat veel sneller.
Levende organismen op aarde zijn ingedeeld in domeinen en deze domeinen zijn ingedeeld
aan de hand van overeenkomsten in genetisch materiaal wat heel weinig veranderd. Dit ligt
in de small subunits rRNA. 2 organismen met heel erg overeenkomend rRNA zijn ze erg aan
elkaar verwant. De afstanden qua verwantschap tussen organismen wordt bepaald aan de
hand van de hoeveelheid nucleotiden verschillen in rRNA tussen beide organismen. Het
zegt alleen iets over VERWANTSCHAP. Wij houden ons bezig met: bacteriën (pro bacteriën
zullen voornamelijk behandeld worden > darm bacteriën), archaea (eencellige organismen
waar geen ziekteverwekkers zijn > heetwaterbronnen/bodem oceaan) en eukaryoten.
Naam bestaat uit: Genus en soort (collectie van stammen die gemeenschappelijke
eigenschappen hebben). Binnen de soort kan je stammen onderscheiden > genetische
variant binnen een soort (beter in staat om ziekte te verwekken).
Uitvinder van de microscoop is Robert Hooke en Antony van Leeuwenhoek beschreef voor
het eerst micro-organismen. Louis Pasteur ontdekte dat micro-organismen niet spontaan
ontstaan. Robert Koch heeft een aantal technieken ontwikkeld die we nu nog steeds
gebruiken, maar ook een manier om aan te tonen dat een bepaalde ziekte werd veroorzaakt
door een bepaalde ziekteverwekker > postulaten van Koch. Deze zijn nog steeds de grond
voor bestudering van een uitbraak door een nieuwe ziekteverwekker.
- Postulaat 1 > aanwezig in alle organismen die ziek zijn en afwezig in mensen die niet
ziek zijn
- Postulaat 2 > kunnen isoleren in kweken
- Postulaat 3 > dezelfde ziekte in de organismen die ziek zijn moet je kunnen
induceren wanneer je een gezond mens blootgesteld aan deze ziekteverwekker.
- Postulaat 4 > ziekteverwekker moet weer geïsoleerd kunnen worden uit de persoon
, die ziek is gemaakt.
Sommige micro-organismen zijn moeilijk te kweken, mensen gebruiken is niet ethisch
verantwoord en moleculair en genetisch bewijs wordt veel vaker gebruikt en deze postulaten
zijn dan overbodig geworden.
Micro-organismen zijn niet altijd ziekteverwekkend (bijv. bier/wijn maken), maar tijdens deze
cursus staan deze juist centraal.
HC 2 03/04/2019: Microbial cells and growth
Wat is een prokaryoot
Prokaryoten zijn heel klein > gunstig omdat ze in eukaryote cellen groeien en voor diffusie
van nutriënten. De meeste zijn bolletjes of staafjes. Een uitzondering zijn epulopiscium
(celwand is heel geplooid > opp tov. de inhoud wordt groter > betere opname nutriënten >
ook meerdere genomen in de cel) en thiomargarita. Ondanks dat de natuur heeft uitgewezen
dat klein zijn voordelig is (zie kopje hieronder) > groot zijn heeft ook als voordeel dat de
bacterie beter weerstand kan bieden aan predatie. Na transcriptie van DNA is het RNA
direct beschikbaar voor translatie > dit in tegenstelling tot bij eukaryoten.
Vorm, organisatie en grootte van de bacterie
De bacterie kan een coccus zijn of een rod (staaf), daarnaast zijn er allerlei variaties
mogelijk (komma, filamentenbacteriën, wokkelvorm (spirogeef), caulobacter. Bacteriën zijn
afhankelijk van hun omgeving voor het opnemen van nutrIënten. De vorm is bepalend voor
het opnemen van deze nutriënten. Als je een hoge opp volume ratio hebt > via diffusie kun
je veel producten opnemen. Bij hetzelfdee volume is het handiger om een staafje te zijn ipv.
een rondje. Bacteriën zijn daarom ook klein (diffunderen voor nutriëntenopname en
diffunderen in een gastheer). Virussen kunnen nog kleiner zijn, omdat ze geen nutriënten
hoeven op te nemen.
Het is niet altijd hoe kleiner hoe beter > ondergrenzen (0,15 micrometer) die worden bepaald
door de functie van een micro-organismen. Structuren zoals DNA en ribosomen nemen toch
een bepaalde hoeveelheid ruimte in namelijk.
DNA zit los in het cytoplasma. Verder zijn er geen organellen die zijn omgeven door een
membraan. Soms zie je wel inclusiebodies > onoplosbare stoffen die opgeslagen kunnen
worden in bacteriën > nutriëntenopslag of omgaan met schadelijke stoffen > onttrekken van
deze stoffen uit het metabolisme van de bacterie. Sommige bacteriën hebben een flagel en
uitsteeksels zoals pili en fimbraie. (Weten tabel 12)
Plasma membraan
Phospholipid bilaag > waterige milieu buiten de bacterie en haar cytoplasma worden van
elkaar gescheiden. De eiwitten in deze laag kunnen door het membraan heen bewegen >
vandaar fluid. Het membraan is alleen doorlaatbaar voor water en kleine moleculen (gassen)
> selectief permeabel. De eiwitten in het membraan zitten bepalen welke stoffen kunnen
diffunderen. Het membraan bestaat uit fosfolipiden die amfipatisch zijn. Door het inbouwen
van opnanoïne (cholesterol bij eukaryoten) tussen de vetstaarten > membraan is minder
vloeibaar en de eiwitten kunnen minder bewegen. De eiwitten zelf hebben een bepaalde
functie.
- Integrale membraaneiwitten > complex (transport) en vezelachtig (vasthechting)
Deze eiwitten zullen met hun hydrofobe delen naar buiten steken voor hechting in het
,membraan.
Functies membraan:
- Energie opslag
- Vasthechting
- Permeabiliteit/transport
Twee soorten diffusie (passief transport):
- Passieve diffusie > porines (kanalen) in het membraan waarin oplosbare moleculen
vrij doorheen kunnen stromen volgens hun concentratiegradiënt. Bij passieve diffusie
zie je bij een hogere concentratiegradiënt een hogere snelheid.
- Gefaciliteerde diffusie > kanalen die specifiek/carriers die specifiek binden aan de
stoffen > bij een lagere concentratiegradiënt de snelheid van transport sneller is en
op een gegeven moment neemt de snelheid niet meer toe. Dit noemen we de
verzadiging van het eiwit. Een carrier is een kanaaltje dat na binding naar binnen
klapt en de stof zo vervoerd. Deze carrier is afhankelijk van zijn snelheid voor zijn
maximale capaciteit.
Actief transport (belangrijk voor bacteriën die in voedselarme situaties wonen)
- Primair actief transport > verschillende soorten moleculen worden per individu
getransporteerd met behulp van ATP via een membraaneiwit. Dit noemen we dan
een uniporter (1 substraat). De membraaneiwitten behoren vaak tot de ABC
transporters. Vaak zorgt een ander eiwit voor het vervoer nodig naar de ABC
transporter na binding zorgt het voor een conformatieverandering > ATP binding
cassette > energie komt vrij en het molecuul kan vervoerd worden.
- Secundair actief transport > synport of antiport. Er worden 2 moleculen vervoerd >
heeft te maken met hoe deze transporters aan hun energie komen. De energie wordt
geleverd door een ion (vaak een proton) die vaak tegelijkertijd stroomt door het
transporteiwit. Symport > ion en molecuul dezelfde kant op stromen en andersom is
antiport. Lac permease (symport) en NA/K pomp (antiport).
- Groep translocatie > het te transporteren substraat ondergaat een
conformatieverandering. De energie wordt geleverd door phosporynolpyruvaat
(PEP). De energie via deze PEP en het substraat wordt gefosforyleerd.
Bacteriecelwand
Menselijke en dierlijke cellen hebben alleen een celmembraan, maar geen celwand. We
kennen een gram positieve en negatieve bacterie. Het woord gram slaat op de kleuring van
de bacterie. Positief blijft paars door dikke laag peptidolgycan. Negatief worden roze door
een dunnere laag peptidoglycan. Negatief hebben 2 lagen > dun laagje peptidoglycan en
een buitenmembraan. Positief heeft 1 dikke laag peptidoglycan. De celwand is voor
bacteriën belangrijk:
- osmotische stress/uitdroging
- gifitige stoffen tegenhouden
- zieketeverwekkendheid
De peptidoglycan laag bepaalt de vorm van de bacterie. Peptidoglycan is een soort
zeef/dikke laag. Deze laag bestaat uit strengen suikers en deze hebben zijketens van
peptides. De suikers zijn NAM en NAG die om en om in de keten zitten. De zijketens steken
alle kanten op. De eiwitten in de peptidoglycan laag zijn bijzonder, omdat deze eiwitten in
ons lichaam verder niet voorkomen en ze zijn bestand tegen proteases. Via transpeptidase
worden de strengen aan elkaar verbonden (peptide aan peptide van andere suikerstreng).
, Alle bacteriën met petidoglycan hebben deze NAM en NAG als basis. Gram positieve
bacteriën hebben dus een dikkere laag proteoglycan > peptide interbridge verbindt de twee
verschillende zijketens van twee verschillende suikerketens > zorgt voor een dikkere laag. In
de peptidoglycan laag van de gram positieve bacteriecel zie je teichoic acids voor extra
support en verandert deze peptidoglycan laag aan het plasmamembraan. Een gram
negatieve celwand > een buitenmembraan (porines voor diffusie van stoffen> makkelijker
doordringbaar) met een ruimte tussen binnen membraan (selectiever transport dan
buitenmembraan) en buiten membraan is een ruimte > periplasmatische membraan waar
zich het laagje peptidoglycaan in bevindt. Allebei de vormen bacteriën hebben
peptidoglycaan nodig voor hun vorm en structuur. De suikers die uit het membraan steken
zijn gebonden aan LPS > o antigen (immuunrespons), lipid A (stabiliteit buitenmembraan >
en wordt herkend door eigen immuunsysteem > endotoxin), inner en outer core. LPS zorgt
voor stabilisatie van het buitenmembraan en permeabiliteit en protectie.
In het buitenmembraan zie je porines die zich rangschikken als een trimeer. De grote van de
kanaaltjes zorgt voor de enige permeabiliteit, sommige zijn wel specifiek.
Peptidoglycaan zorgt ook voor het tegengaan van de osmotische stress binnen een bacterie.
Wanneer deze laag weg is > komt in een hypotonische oplossing > water de cel in > lysis.
Mycoplasmas (bekende ziekteverwekker bij mensen) > kunnen alleen leven in een isotone
omgeving (intracellulair). Wanneer ze buiten deze omgeving komen (buiten de gastheer) >
gaan ze dood. Dit proberen ze tegen te gaan door sterolen in te bouwen.
Wanden buiten de celwand
Buiten hun buitenste laag hebben sommige bacteriën nog een laag:
- Kapsels > bestaat uit polysaccharides, goed georganiseerd en minder goede
herkenning door fagocyten (bescherming tegen fagocytose).
- Slijmlagen > bestaat ook uit polysaccharides, maar minder goed georganiseerd. Het
voordeel is dat deze bacterie zich makkelijker kan bewegen tussen gastheren.
- S-lagen > bestaat uit een eiwit die of zorgt voor extra stabiliteit of aanhechting.
Pili en flagella
Fimbriae (pili) en flagella zitten ingebed in het buitenmembraan of tussen binnen- en
buitenmembraan. Fimbriae zorgen voor aanhechting, ze zijn dun, zonder flagella zorgen ze
ook voor beweeglijkheid, overgeven DNA tijdens conjugatie. Bacteriën kunnen DNA
opnemen uit dood materiaal. Ook kan DNA materiaal uitgewisseld worden tussen levende
bacteriën via sex pili. Flagella zijn dik en kennen 1 functie: motiliteit. Flagella kunnen wel op
verschillende manieren georiënteerd zijn, bepaalde beweging kan hierdoor beter/minder
goed uitgevoerd worden.
Oriëntatie:
- Peritrich (rondom)
- Polair (flagella aan één van de polen of allebei)
- Lopotrich (polair, maar als bosje geclusterd aan 1 kant)
Flagella zien er wel allemaal hetzelfde uit. Het apparaat bestaat uit een eiwitcomplex >
ingebed in binnen en buiten membraan en plasmamembraan. Er bestaat een verschil qua
opbouw tussen gram positieve en negatieve bacterie. Via ATP ze je dat deze bocht kan
gaan slingeren > bacteriën kunnen zich zo voortbewegen. Het apparaat bestaat uit
verschillende ringen en membranen en een buisje. Flagellin kan een lange keten vormen die
het flagel is. Flagellin wordt op de top erop gezet > hetzelfde principe als actine
polymerisatie.
The benefits of buying summaries with Stuvia:
Guaranteed quality through customer reviews
Stuvia customers have reviewed more than 700,000 summaries. This how you know that you are buying the best documents.
Quick and easy check-out
You can quickly pay through EFT, credit card or Stuvia-credit for the summaries. There is no membership needed.
Focus on what matters
Your fellow students write the study notes themselves, which is why the documents are always reliable and up-to-date. This ensures you quickly get to the core!
Frequently asked questions
What do I get when I buy this document?
You get a PDF, available immediately after your purchase. The purchased document is accessible anytime, anywhere and indefinitely through your profile.
Satisfaction guarantee: how does it work?
Our satisfaction guarantee ensures that you always find a study document that suits you well. You fill out a form, and our customer service team takes care of the rest.
Who am I buying this summary from?
Stuvia is a marketplace, so you are not buying this document from us, but from seller joyceburger71. Stuvia facilitates payment to the seller.
Will I be stuck with a subscription?
No, you only buy this summary for R58,85. You're not tied to anything after your purchase.
Can Stuvia be trusted?
4.6 stars on Google & Trustpilot (+1000 reviews)
62890 documents were sold in the last 30 days
Founded in 2010, the go-to place to buy summaries for 14 years now